《國家基本藥物目錄管理辦法》第四條規定，國家基本藥物的遴選應當遵循預防控制、安全有效、價格合理、使用方便、中西藥並重、基本保障、臨床首選、基層可獲得的原則，結合我國用藥特點，參考國際經驗，合理確定品種(劑型)和數量。
我國國家基本藥物制度是對基本藥物目錄制定、生產供應、采購配送、合理使用、價格管理、支付報銷、質量監督、監測評價等進行有效管理的制度。國家基本藥物制度可以完善現行的藥品供應保障體系，保障人民群眾用藥安全。保障基本藥物充足供應和合理使用，有利於維護人民群眾基本藥物權益，改變“以藥補醫”機制，促進藥品生產流通企業資源優化整合，對於實現人人享有基本醫療衛生服務、保障人民健康、體現社會公平、減輕人民群眾用藥負擔、促進衛生事業發展具有重要意義。
2009年，各省(區、市)30%的政府辦城市社區衛生服務機構和縣(基層醫療衛生機構)實施基本藥物制度，包括省級集中網上公開招標采購、統壹配送、全部配備基本藥物並實現零差率銷售。基本藥物全部納入基本醫保藥品報銷目錄，報銷比例明顯高於非基本藥物。到2011年，初步建立國家基本藥物制度。到2020年，全面實施覆蓋城鄉的標準化國家基本藥物制度。