I .瘺管切開術
適用於低位單純性肛瘺和內外括約肌間的外瘺。瘺管切開術只損傷部分內括約肌、外括約肌的皮下部分和淺表部分，不會引起術後肛門失禁。壹般在鞍狀麻醉下，從外口插入探針，穿透瘺管內口，沿探針方向切開瘺管，將腐爛的肉芽組織刮幹凈。為了保證瘺管從底部向外生長，可以從切口兩側的皮膚上切下幾個V形傷口，同時註意是否有分支管，也要壹個壹個切。
第二，掛線療法
適用於高位單純性肛瘺，即內口在肛門直腸環平面以上，手術截肢可引起肛門失禁。通過使用瘺管的線牽引方法將待切斷的括約肌粘附到周圍組織。由於結紮後缺血壞死，10 ~ 14天後自行斷裂。此時沒有出現收縮性尿失禁，瘺管開成壹個傷口，實現逐漸愈合。方法:將探頭從外口經瘺管插入內口，探頭引導壹根無菌粗絲線或橡皮筋，經瘺管從內口引出，然後紮緊。
掛線時註意:
①找到內口的準確位置，避免假路徑和手術失敗；
②在收緊絲線或橡皮筋前，應切開括約肌的皮膚和皮下部分，以減輕術後疼痛，縮短拆線日期；
③結紮要適當收緊，過松不容易切斷瘺口。術後坐熱水浴，3 ~ 5天後再次收緊，2周即可完全折斷。
三、肛瘺切除術
適用於低位單純性肛瘺，不同於切開術，是將瘺管與周圍組織分開切除，直至暴露健康組織創面，壹般不縫合。術後洗澡換藥，直到痊愈。高位或復雜肛瘺術中應註意保護肛門直腸環，避免術後大便失禁。