幽門螺桿菌不易對阿莫西林(青黴素類藥物)產生耐藥性，因此是目前根除幽門螺桿菌最常用的藥物。但對青黴素過敏的人影響其應用。對青黴素過敏的可以用頭孢呋辛代替，療效基本相同。克拉黴素屬於大環內酯類，目前仍是根除幽門螺桿菌療效較高(如果不是耐藥的話)的藥物，且與其他大環內酯類存在交叉耐藥。替硝唑可以代替甲硝唑，米諾環素(壹種半合成四環素)可以代替四環素。這些替代品的不良反應可能略低，但耐藥率與推薦藥物相同，不能提高療效。左氧氟沙星屬於氟喹諾酮類，用於補救治療。在日本用西他沙星代替左氧氟沙星可以在壹定程度上提高療效。中國學者用黃連素代替其他抗生素根除幽門螺桿菌，其療效有待更多研究證實。