鐵路專用線主管部門所屬的鐵路專用線管理機構負責本行政區域內鐵路專用線的管理、監督和協調工作。
縣級以上人民政府有關部門應當按照法定職責做好鐵路專用線的監管和協調工作；國家鐵路運輸企業應當依照法律、行政法規的規定，做好鐵路專用線的相關工作。第四條鐵路專用線所在地人民政府、鐵路專用線主管部門、公安機關和安全生產監管部門應當按照各自職責，落實安全生產責任制，維護鐵路專用線生產秩序，保障運輸安全。第五條任何單位和個人都有愛護鐵路專用線設施設備的義務，並有權制止和舉報盜竊、破壞、損毀鐵路專用線設施設備和擾亂鐵路專用線運輸秩序的行為。第六條新建、改建、擴建鐵路專用線應當符合城鄉規劃，取得國土資源主管部門的建設用地預審意見，向國務院鐵路主管部門申請鐵路專用線與國家鐵路接軌的許可，並按照國家基本建設程序的規定辦理相關手續。
新建、改建、擴建或者拆除鐵路專用線，應當征求有關部門、鐵路專用線管理機構和國家鐵路運輸企業的意見。第七條鐵路專用線建設依法實行項目法人責任制、招標制和工程監理制。
鐵路專用線建設項目的勘察、設計、施工、工程監理和檢測，應當由依法取得相應資質等級的單位承擔。第八條鐵路專用線建設項目竣工後，鐵路專用線運營管理單位應當依法組織驗收。未經驗收或者驗收不合格的，不得交付使用。第九條鐵路專用線經營管理單位應當加強線路、設施、設備的日常維護。本單位不具備維修技術能力的維修項目，應當委托具有專業維修資質的單位承擔，並簽訂書面合同。維修服務的收費辦法由省人民政府價格主管部門規定。第十條除法律、行政法規規定外，任何單位和個人不得封鎖鐵路專用線。第十壹條鐵路專用線管理單位應當加強鐵路專用線運輸管理，建立鐵路專用線運輸管理制度，確定專職運輸人員。第十二條鐵路專用線經營管理單位應當按照《鐵路貨物運輸管理規定》建立健全經營管理制度，每年與國家鐵路運輸企業簽訂年度運輸協議和安全協議。第十三條鐵路專用線管理單位應當向鐵路專用線管理機構報送月度和年度運輸統計數據。第十四條鐵路專用線經營管理單位應當優先運輸搶險救災物資和國家優先安排的其他物資。第十五條專用鐵路兼營旅客運輸和公共貨物運輸的，由其經營管理單位提出申請，經省級鐵路專用線主管部門審核後，報省級人民政府批準。
有關單位使用鐵路專用線的，應當簽訂鐵路專用線使用協議，並抄送設區的市、自治州鐵路專用線管理機構備案。第十六條鐵路專用線主管部門收取的鐵路專用線運輸管理費應當專項用於鐵路專用線管理。第十七條鐵路專用線經營管理單位應當加強鐵路專用線運輸安全管理，建立安全生產管理制度，設置安全管理機構或者專職安全管理員，專項安排安全生產所需經費。第十八條新建、改建、擴建或者拆除與鐵路專用線平面交叉的道口(含人行步道，下同)，應當遵守國家和本省的有關規定，任何單位和個人不得擅自設置道口。
任何單位和個人不得破壞、損壞、侵占或者移動道口設施、設備和標誌。第十九條鐵路專用線兩側應當設立安全保護區。安全保護區的範圍由鐵路專用線所在地的縣級以上人民政府按照國家有關規定劃定。
鐵路專用線管理單位應當在鐵路專用線安全保護區邊界設立標樁，並根據需要設置圍欄、柵欄等防護設施。第二十條任何單位和個人不得在鐵路專用線內建房、取土、挖沙、挖溝、倒空、放牧、堆放或者懸掛影響行車美觀的物品、種植影響行車美觀的樹木，以及從事其他損壞路基、危及行車安全的行為，但鐵路專用線施工、運營和搶險等必要活動除外。