市水路運輸行政管理部門所屬的上海市航務管理處(以下簡稱市航務處)負責本市水路運輸的具體管理；區(縣)水路運輸行政管理部門所屬的航務管理署(所)［以下簡稱區(縣)航管署(所)］在市航務處的業務指導下，負責本行政區域內水路運輸的具體管理。
本市有關行政管理部門以及海上安全監督、船舶檢驗、海關等行政管理部門按照各自的職責，協同實施本條例。第四條 水路運輸的管理應當遵循保護合法經營、維護公平競爭、堅持協調發展的原則，促進水路運輸為國民經濟和社會發展提供安全、準點、快捷、經濟、方便的服務。第五條 市水路運輸行政管理部門應當根據經濟和社會發展的需要，編制本市水路運輸發展規劃，報市人民政府批準後組織實施。第六條 水路運輸經營者依法組織的行業協會，按照法律、法規建立行業自律機制；為經營者提供政策、信息咨詢服務，維護經營者的合法權益；接受市水路運輸行政管理部門的委托，對水路運輸經營者的經營活動進行指導；向市水路運輸行政管理部門提出意見和建議。第二章 基本規定第七條 本市營業性水路運輸實行許可制度。
從事營業性水路運輸活動，應當按照法律、法規和國家水路運輸行政管理部門發布的水路運輸規定，取得合法的水路運輸經營資格，並在批準的經營範圍內經營。第八條 設立水路貨物運輸、旅客運輸企業，應當具備下列條件：
(壹)有與經營範圍相適應的船舶，並持有船舶檢驗部門簽發的有效船舶證書；
(二)有相應的組織機構和專業人員；
(三)主要船員持有有效的適任證書；
(四)有固定的經營場所和必要的設施，其中經營旅客運輸的，還須落實客船沿線停靠站點；
(五)有與經營範圍相適應的註冊資金。
開設水路貨物運輸或者旅客運輸個體工商戶，應當具備前款 (壹)、(三)、(四)、(五)項的條件。
國家規定必須辦理第三者責任保險、旅客意外傷害保險和船舶保險的，還須提供保險證明。第九條 設立水路運輸服務企業，應當具備下列條件：
(壹)有相應的組織機構和專業人員；
(二)有固定的經營場所和必要的營業設施；
(三)有與經營範圍相適應的註冊資金。
開設水路運輸服務個體工商戶的條件，按照國家規定辦理。第十條 申請從事國內水路運輸，應當向市航務處或者所在地的區(縣)航管署(所)提出；申請從事國際水路運輸，應當向市水路運輸行政管理部門提出。
受理機關應當按照審批權限報送相關機關審批。本市審批機關應當在規定的期限內作出書面審批決定。決定批準的，按其經營範圍分別發給水路運輸許可證、水路運輸服務許可證或者相關批準文件。
外商投資設立水路運輸企業，應當經市水路運輸行政管理部門審核，並按照有關法律、法規辦理審批手續。第十壹條 取得水路運輸許可證和水路運輸服務許可證或者批準文件的，憑證或者憑批準文件向工商、稅務行政管理部門登記，經核準領取營業執照、稅務登記證件後方可經營。第十二條 從事國內水路運輸的本市水路貨物運輸、旅客運輸經營者，應當按照申請核準的船舶向市航務處領取船舶營業運輸證和相關的業務單據。
船舶營業運輸證應當隨船攜帶。第十三條 本市水路運輸經營者合並、分立或者變更經營範圍，應當報經原審批機關批準後換領有關許可證件，並到工商、稅務行政管理部門辦理相關手續；變更企業名稱、住所和法定代表人等事項，在辦理相應工商、稅務變更登記的同時，應當到原審批機關更換有關許可證件。第十四條 本市水路運輸經營者停業、歇業，應當提前三十日向原審批機關申報。在辦理相關手續的同時，應當交回許可證和有關業務單據。