080705制冷與低溫工程本專業主要從事制冷與低溫工程領域的基礎理論和工程應用研究。制冷與人體冷凍工程作為能源利用和國民經濟發展的重要基礎，廣泛應用於建築與生物儲存、人工環境、石油化工、農業、醫療、交通運輸和航空航天等領域，尤其是民用制冷、商用制冷、工業制冷和生物質制冷技術。本專業主要研究方向:食品冷凍與制冷工程、食品冷藏鏈集成技術、制冷裝置模擬與優化、制冷裝置開發與測試。擁有壹批國際先進的實驗和檢測儀器設備。在農業部冷藏冷凍設備質量監督檢驗測試中心和學科實驗研究中心的基礎上，還建立了食品冷藏鏈研究中心和壹批配套的先進實驗室。制冷與低溫工程專業將動力機械與食品加工相結合，以食品冷凍與制冷研究為專業發展特色，在華東地區乃至全國食品低溫保存領域占有重要地位。
081704應用化學上海海洋大學應用化學系2003年獲碩士學位。本碩士點融合了化學工程、環境工程、材料科學、生物化學、微生物學、食品工程等幾個學科的交叉優勢，形成了不同於上海市相關高校同類學科的優勢和特色。培養了適合企事業單位生產、教學、科研、技術管理及相關工作的復合型知識結構的高級技術人才。本專業主要研究方向為:食品應用化學、生物資源利用化學、食品分析檢測技術、天然產物化學、海洋生物制藥。
071010生物化學與分子生物學本碩士專業集生物化學、分子生物學、微生物學、食品生物技術等幾個學科的優勢於壹身。主要以海洋動物、植物和微生物為研究對象，在蛋白質水平和分子基因水平對海洋生物的功能蛋白或活性肽進行深入研究；另壹方面，研究各種有害微生物參與食品安全的機理。本專業主要研究方向為:魚類肌肉分化生長機理、基因工程制備海洋生物功能蛋白和多肽技術、生物技術在食品安全評價與檢測中的應用。
085231食品工程專業主要是培養從事食品加工與保鮮、食品生物技術、食品化學與應用、食品檢測與分析、食品與油脂加工、水產品加工、畜產品加工、果蔬加工、食品機械與包裝、功能食品、食品分離與重組等方面的應用研究與技術開發的高級工程管理人才。
085206動力工程是研究在工程領域實現物質和能量轉換、傳遞和利用過程及其裝備的理論和技術，提高其利用率，降低消耗和汙染，促進國民經濟可持續發展的應用技術學科。屬於21世紀經濟發展的能源、信息、材料三大前沿領域之壹。這門學科不僅是壹門完整而獨立的學科，而且與其他科學領域相互滲透和交叉，如電子技術、計算機技術、材料科學和自動控制技術等。所以動力工程的相關學科有熱能工程、動力機械與工程、化工過程機械、液體機械與工程、機電壹體化、計算機應用。該領域培養的工程碩士應成為在電力工程領域從事科學研究、開發應用、工程規劃和管理的復合型高級工程技術人才。
095113食品加工與安全本專業以化學、生物學、微生物學和農業工程為基礎，重點研究各種生物材料，特別是水產品和農產品，研究貯藏、加工、檢測、開發、食品衛生與安全的基礎理論和應用技術，培養食品生產技術和質量管理、安全評價、分析檢測、產品開發等領域的創新理念。083200食品科學與工程(壹級學科博士點)本學科前身為水產制造系，創建於1912。在近百年的發展過程中，該學科開創了我國罐頭、飲料和冷凍食品加工技術的研究。其中，水產品加工與貯藏工程學科獲得1984碩士學位授予權，1998獲批農業部重點學科。2000年獲得食品科學碩士學位授予權，2003年獲得水產品加工與貯藏工程博士學位授予權。是目前上海唯壹的食品科學。2009年被授予食品科學與工程博士後科研工作站。經過多年建設，該學科擁有壹批世界先進的儀器設備，已成為優勢明顯、師資力量雄厚、科研成果眾多的學科，培養了近萬名本科生和700多名研究生。學科由水產品加工與貯藏工程、食品低溫物流工程、食品生物技術和食品科學四個研究方向組成。該學科秉承水產傳統特色，重點研究海洋生物資源開發利用、食品物流與儲運、食品安全與質量控制、食品生物技術等領域。其中水產品加工領域在國際上具有重要影響，在魚糜及其制品加工、水產品保鮮、低溫物流技術和裝備方面處於國內領先地位。多年來，本學科註重產學研合作，先後與光明食品(集團)有限公司合作建立了光明學院和現代食品產業發展研究中心，與上海食品研究所合作建立了食品安全研究中心，與上海頤和農產品科技發展有限公司合作建立了果蔬保鮮技術研究所..此外，學科拓展了與美、日、英等高校和研究機構的合作，擴大了在國際學術界的影響力，促進了與世界各地區的交流，提升了學科綜合實力。