封建社會後期，手工業和商業開始發展，生產力的增長促進了新市場的尋找。哥倫布在1492年發現新大陸，達·伽馬在1497年發現好望角，麥哲倫在1519 ~ 1522年環遊世界，都加強了東西方的文化交流，許多藥物也從東方傳入歐洲。美洲發現後，歐洲也有金雞納、愈創木和可可。
由於資本主義的興起，資產階級知識分子首先在意大利形成。他們的特點是敢於挑戰教會思想，反對宗教迷信的束縛。他們的口號是“我是人，我應該知道人的壹切”來反對神學的統治。他們壹方面傳播新文化，另壹方面又極力學習和模仿古希臘文化，因此被稱為“文藝復興”。1543年，哥白尼發表了《天體運行論》，這標誌著科學史上文藝復興的開始。
文藝復興時期，懷疑教條、反對權威的思潮興起。於是醫學界也產生了以帕拉契蘇斯為代表的醫學革命。
中世紀的醫學院主要講阿維森納的《醫學正典》和蓋倫、希波克拉底的著作。老師照本宣科，壹切都很常規，毫無生氣。文藝復興的狂熱很快蔓延到醫學領域。帕拉切爾蘇斯首先指出，人體的生命過程是壹個化學過程。他在巴塞爾大學任教時，主張用通俗的德語寫書和講課，使醫學很容易被大眾接受。這是壹項偉大的改革。他重視實踐，反對繁瑣的經院哲學，反對中世紀的傳統和權威觀念。他說:“沒有科學和經驗，沒有人能成為醫生。我的作品不是基於古代權威的作品，而是基於最大的老師的經驗。”他勇敢地與殘酷無情和盲目崇拜作鬥爭，公開燒毀了蓋倫和阿維森納的著作。
在封建社會，各民族無壹例外地禁止屍檢，所以人體解剖學無法發展。在這個時代的醫學書籍中，解剖圖幾乎都是根據動物的內臟繪制的。但文藝復興的文化是以人為關註中心的，這壹點在醫學領域有所體現。人們首先關註的是人體的結構。
意大利的達芬奇是第壹個革新解剖學的人。他認為作為壹名寫實畫家，需要對人體解剖，尤其是骨骼和肌肉有深入的了解，於是開始從事人體解剖。到現在為止，他畫的解剖圖只有150張，大部分都很準確，很漂亮。
達芬奇首先質疑蓋倫的解剖學。他曾經往氣管裏吹氣，但是無論他怎麽努力，他的心臟都沒有膨脹，這證明了蓋倫的肺心相通的理論是錯誤的。他還檢查了心臟的結構和形狀，他畫的心臟圖比以前的圖要正確得多。此外，他還發現了主動脈根部瓣膜的活性和性質，證明了瓣膜的作用是阻止血液回流。他提到的心血管問題很快引起了醫學科學家的註意。
維薩裏完成了壹本基於直接觀察的人體解剖學教科書。維薩裏在魯汶大學學習，然後轉到巴黎大學。那時候兩所大學講解剖學，還是高腳椅授課，助教和工匠在臺下操作，壹年最多只允許做三四次屍檢。維薩裏對這種情況不滿意，他夜裏去野外偷了屍體進行解剖。當時意大利的帕多瓦大學有歐洲最好的解剖教室，所以他去那裏教書。1543年，他把工作中積累的材料整理成書，公開出版。這本書是《人體結構論》。盡管維薩裏當時受到保守派的批評，但他的學生發展了解剖學。
在中世紀，因為手術很臟而被鄙視，壹般的手術都是由理發師來做。法國的佩利是壹名理發師兼外科醫生。他以前是軍醫。在戰傷治療中，用藥膏代替沸油治療火器傷，取得了良好的效果。他還用結紮代替燒灼止血；做過異位胎兒倒置；創造了人造手和腳。他不懂拉丁語，也不信仰天主教。他的作品是用他自己的語言法語寫的。
14到16世紀，傳染病非常流行，奪去了無數人的生命。這時，弗拉卡斯托羅提出了關於傳染病的新觀點，認為是由壹種生殖“粒子”引起的，並指出了三種傳染途徑。
總之，在16世紀，歐洲醫學擺脫了古代權威的束縛，開始獨立發展。它的主要成就是建立了人體解剖學。這不僅顯示了壹門古老學科在新的層面上的復興，也標誌著醫學新征程的開始。
17世紀的醫學
17世紀，英國科學處於領先地位。
在17世紀，測量的概念變得非常流行。Saint Thorio是第壹個在醫學領域使用測量的人。他做了體溫計和脈搏計，還做了壹個小屋壹樣的大秤，可以住，可以睡，可以運動，可以吃。排泄前後，他自己稱體重，就這樣不知疲倦地堅持了30多年。他發現自己在不排泄的時候體重在下降，於是認為原因是“不知不覺出汗”，這可以說是最早的代謝研究。
實驗和測量的應用使生命科學進入科學軌道，其標誌是哈維對血液循環的發現。哈維畢業於帕多瓦大學。在他之前，帕多瓦大學的解剖學家已經發現並解釋了心臟血液循環的過程。1553年，西班牙學者塞爾維特證實，血液從右心室流向左心室時，並不通過隔膜上的孔，而是通過肺部進行“漫長而奇妙的迂回”。
哈維首次將科學研究中活體解剖的實驗方法應用於直接觀察動物身體的活動。同時，他還精確計算了從左心室到普通動脈，從右心室到肺動脈的血流量。他分析，血液絕不可能來自飲食，也不可能停留在身體組織中，他得出結論，從左心室註入動脈的血液，壹定是從靜脈回流到右心室的血液。就這樣，血液循環被發現了。哈維在1628出版了《心臟運動論》壹書。
隨著實驗的興起，出現了很多科學儀器，顯微鏡出現在17世紀初。顯微鏡把人們帶到了壹個新的認識水平。此後，科學家們通過使用顯微鏡取得了壹系列重要發現。
馬爾皮基觀察了動物組織，發現了毛細血管。他還觀察了脾臟、腎臟和其他組織的顯微結構。荷蘭業余科學家萊文·胡克也做了許多顯微觀察，他首先看到了精子和血細胞；當他觀察蝌蚪的尾巴時，他發現血細胞流經毛細血管。他和馬爾切洛·馬爾皮吉的觀察填補了哈維血液循環理論的空白，並解釋了血液是如何從動脈進入靜脈的。但17世紀的顯微鏡觀察並不徹底，真正的人體組織學是在19世紀發展起來的。
17世紀，物理、化學、生物都取得了進步，醫學家開始對過去的醫學理論不滿，出現了壹些新的理論，主要包括三派。壹個是物理學派，以醫學機械論者、哲學家和數學家笛卡爾為代表。他認為所有的痛苦、恐懼等。是機械反應；人們相信人有靈魂，靈魂存在於松果體中。
化學派用化學原理解釋生理和病理現象，以席爾武為代表。他曾致力於鹽的研究，認為人體三大元素是汞、鹽、硫；酶在生命活動和生理功能中起著重要的作用。他是蓋倫學說的信奉者，認為疾病的發生是由酸堿失衡引起的，所以他的治療主要是平衡兩者之間的關系。這個學派是當時醫學上很有影響的壹個學派，他們對唾液、胰液、膽汁的研究對生理學做出了壹定的貢獻。他們認為血液是中心，所有的病理過程都是由血液產生的。所有的疾病都是用化學原理解釋和治療的。
英國化學學派的另壹個代表，牛津大學的威利斯，註重臨床觀察。在西方，他第壹個知道糖尿病的尿液是甜的，所以糖尿病也被稱為威利斯氏病。他描述了現在所謂的重癥肌無力，還描述並命名了產褥熱和腦基底動脈環。
還有壹個學派叫生命力學派，認為生命現象不能被物理或化學所支配，而是由生命特有的生命力所維持，這種生命力就是生命力。這個學派的代表人物是斯塔爾，他認為疾病的原因在於生命力的降低，生命力的消失就是死亡。這個學派在18世紀比較流行。
這三個學派雖然始於17世紀，但都有很大的影響，在20世紀的各個學派中仍然可以找到它們的身影。
內科學壹直到17世紀都沒有進展，醫術和中世紀差不多。四體液理論仍然是疾病理論的基礎。因為當時的醫生研究的是解剖學和生理學，他們似乎忘記了醫生的責任，所以17世紀的臨床醫生西德納姆指出“與醫生最直接的關系既不是解剖實踐，也不是生理實驗，而是患疾病的病人。因此，醫生的任務是首先正確地找出疼痛的本質，即更多地觀察同病患者的情況，然後通過學習解剖學、生理學等知識，推導出疾病的解釋和治療方法。”同時，他非常支持希波克拉底的“自然治愈力”思想。這既說明當時臨床科學還很落後，也說明他重視人體的抗病能力。
18世紀的醫學
到了18世紀，醫學家解剖了無數屍體，對人體的正常結構有了清晰的認識。在此基礎上，他們可能會發現壹些異常結構。
意大利病理解剖學家Morgagni在1761年出版了《論疾病的部位和原因》壹書，描述了器官在疾病影響下的變化，對疾病的原因進行了科學的推測。他將疾病視為局部損傷，認為每壹種疾病在壹個器官中都有其相應的病變。正是在他之後，醫生們開始用“病變”來解釋癥狀，這對後來的整個醫學領域產生了很大的影響。
18世紀下半葉，奧地利醫生auenbrugg發明了打擊樂。他的父親是酒店老板，經常用手指敲擊大桶，根據聲音猜測桶裏的酒精量。到了宋朝後期，auenbrugg把這種方法運用到人的胸部，尋找“病竈”。經過大量的經驗和觀察，包括屍檢跟蹤，他創立了壹直應用到今天的叩診法。然而，打擊樂的普及和應用還是在19世紀。
在17世紀之前，歐洲沒有有組織的臨床教育。學生到醫學院學習，只要學習合格，就可以拿到畢業證書。17世紀中期，荷蘭萊頓大學開始實行臨床教學，並取消了宗教教派的限制，吸引了很多外國留學生。
到了18世紀，臨床醫學教學蓬勃發展，萊頓大學在醫院裏設立了教學床位，布爾哈維成為了當時世界聞名的臨床醫生。伯哈維充分利用病床教學。在病理解剖學之前，他試圖為學生提供臨床癥狀以及這些癥狀與病理變化之間關系的信息，這是日後臨床病理會議的先驅。
詹納發明牛痘疫苗是18世紀預防醫學的重要事件。16世紀，中國已經接種了人痘來預防天花。18世紀初，這種方法通過土耳其傳到英國。詹納發現，在實踐中，接種牛痘疫苗比接種人痘疫苗更安全。這壹改進提高了疫苗接種的安全性，有助於最終根除天花。
19世紀的醫學
19世紀初，提出了細胞學說。到19世紀中葉，德國病理學家費爾肖倡導細胞病理學，將疾病研究深化到細胞水平。他的理論的基本原理包括:細胞來源於細胞；身體是細胞的總和；疾病可以用細胞病理學來解釋。
19世紀中期，由於發酵工業的需要，物理化學的進步，顯微鏡的改進，細菌學誕生了。法國人巴斯德開始研究發酵的功能，後來研究微生物，證明發酵和傳染病是由微生物引起的；德國人科赫發現了霍亂弧菌、結核桿菌和炭疽桿菌，改進了細菌培養和細菌染色的方法，提出了科赫三定律。他們的工作奠定了微生物學的基礎。
19世紀的最後30年是細菌學時代，在此期間大多數主要病原體相繼被發現。巴斯德還研究了雞的霍亂、牛羊的炭疽、狂犬病等。，並首次通過削弱微生物的毒力來研究疫苗，從而建立了經典免疫學。後來，在巴斯德研究所工作的俄國人梅奇尼科夫系統地闡述了吞噬現象和某些傳染病的免疫現象。提出了微生物之間的拮抗作用及其變異。20世紀初，人們發現乳酸菌和致病菌在人體腸道中是相互拮抗的，乳酸菌制劑被用於治療壹些腸道疾病。他對早期免疫學做出了巨大貢獻。
19世紀初，在藥理學上，陸續提取了壹些植物藥的有效成分。比如1806從鴉片中提取嗎啡；奎寧是在1819從金雞納樹皮中提取的；到19世紀中期，尿素和氯仿已經合成。1859水楊酸類解熱鎮痛藥物合成成功；19末精制成阿司匹林。此後，各種藥物的合成和精制不斷發展。後來，人們開始研究藥物的性質和功能。實驗藥理學是在臨床醫學和生理學的基礎上，通過動物實驗產生的。
19世紀，人們應用物理學和化學的理論和實驗方法來研究有機體，從而逐漸出現了實驗生理學。法國的馬讓迪、德國的彌勒、法國的伯納德都用動物實驗對神經和消化系統做了大量的生理研究。他們的工作為現代生理學研究奠定了科學基礎。
由於病理解剖學和細胞病理學的影響，當時的臨床醫學特別重視對內臟病變的研究和診斷，千方百計尋找“病竈”，豐富了診斷手段，增加了診斷手段和輔助診斷工具。到19年底，檢驗工作或多或少從直接觀察患者轉變為研究實驗室的檢驗結果。
是拉埃奈克發明了聽診法。他是壹名法國病理學家和臨床醫生。從希波克拉底的著作中，他得到了心肺可以聽診的啟示。壹開始是用耳朵直接聽診，後來做了紙質聽診器，再後來就用木頭了。他檢查了許多病人，研究了聽診器發現的最小現象，並進行了許多屍檢，將解剖結果與臨床現象進行比較，從而改進了聽診方法。1819年，他發表了論文《間接聽診法》，並根據這種新的檢查方法用於診斷肺部和心臟疾病。
19世紀應用了許多臨床診斷輔助手段，如血壓測量、體溫測量和體腔內窺鏡檢查。利用新的照明裝置和光學儀器，壹系列光學儀器相繼被發明和使用。亥姆霍茲的檢眼鏡發明較早，其後有喉鏡、膀胱鏡、食管鏡、胃鏡、支氣管鏡等。豐富了臨床醫學診斷手段，使後期體腔內治療成為可能。
由於化學的發展，臨床醫學使用化學分析來檢查血液的含量，這大大改善了診斷方法。隨著顯微鏡技術的不斷進步，形態學診斷逐漸在臨床上獲得了重要地位。它研究體液和固體部分的組織結構和有形成分，研究正常和異常排泄物的結構成分。到19年底20世紀初，由於微生物學和免疫學的成就，醫生的診斷手段更加豐富。
19世紀以前，外科學非常落後。疼痛、感染、出血等主要基礎問題沒有得到解決，限制了手術的數量和範圍。19世紀中葉，解剖學的發展和麻醉、防腐、無菌方法的應用，對外科學的發展起到了決定性的作用。
首先是麻醉的發明。19世紀中期，氧化亞氮、乙醚、氯仿相繼被用作全身麻醉劑，可以無痛進行手術，這是外科手術的壹大進步，也是外科手術發展的先決條件。19年底發明了局部麻醉的方法，克服了全身麻醉程序復雜，副作用多的缺點。
外傷手術後化膿的並發癥是最麻煩的事情。在巴斯德發現致病微生物之前，維也納產科醫生Semel Weiss在1847中證明產褥熱的真正原因是手和產科器械的感染，主張用石灰水洗手。
英國外科醫生李斯特根據巴斯德的發現，認為傷口腐爛分解的過程是由微生物引起的。1865期間，他用石炭酸消毒成功進行了復雜骨折手術，他還用石炭酸消毒了手術室、手術臺、手術部位、傷口。並用復雜的包紮方法包紮傷口。防腐法大大降低了傷口化膿和術後死亡率，但仍未完全解決傷口感染的問題。
1886年，貝格曼采用高壓滅菌器進行消毒手術，標誌著真正進入了無菌手術時代。在止血方面取得了壹些初步進展，如止血鉗、止血帶和血管結紮的應用。
上述成就為外科學的發展鋪平了道路。此後，外科迅速發展。19世紀末，體腔外科學普遍發展，所以很多臨床專科(如婦科、泌尿外科、眼科等。)不僅進行了內科治療，而且在外科方法上獲得了重要地位。
18世紀預防醫學有所進步，但大多是個人努力的結果，實施範圍有限。到19世紀，確保健康的預防醫學和醫學對策逐漸成為立法和行政問題。英國在1848年建立了衛生總局，規定了壹些預防疾病的法律。
此後不久，英國發生霍亂疫情，造成約6萬人死亡。統計數據顯示，該疾病的傳播媒介是飲用水，因此采取了適當的預防措施，以逐步遏制疫情。
使衛生學成為壹門精確科學的人是佩滕科弗，他將物理和化學的研究方法應用於衛生學，研究空氣、水和土壤對人體的影響。確定了大氣中二氧化碳對呼吸的意義，發明了測定空氣中二氧化碳含量的方法。研究了住宅的通風和供暖設備。在他之後，職業病、食品工業營養學、食品衛生學的研究相繼產生。
護理工作歷史悠久，但長期從事護理的人地位低下。19世紀以前，工作條件非常惡劣，人員素質差，待遇低。英國護士弗洛倫斯·南丁格爾(Florence Nightingale)在德國學習護理知識，在克裏米亞戰爭中帶領護士進行戰場救護，成績顯著。1860，她創辦護理學校，傳播護理思想，提高護理地位，讓護理成為壹門科學。