負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承擔政務督查、安全保密、信訪、政務公開、衛生信息化、國有資產管理、後勤服務等工作。；負責健康促進和新聞發布；負責直屬單位的內部安全。
(二)衛生應急辦公室(重慶市突發公共衛生事件應急指揮中心)
擬定全市衛生應急和緊急醫療救援預案、制度、方案和措施；指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動，負責實施突發公共衛生事件和其他突發事件的預防控制和應急醫療救援；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；負責組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息。
(3)人事部門
擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；負責衛生專業技術人員的資格認定；負責機關及下屬單位的機構設置、人事管理和隊伍建設。
(4)組織部(宣傳統戰部)
負責下屬單位和歸口管理單位的黨建、領導班子建設、黨的宣傳、思想政治工作和統戰工作；負責機關及下屬和歸口管理單位副處級以上領導幹部和後備幹部的管理。
(5)計劃財務室(貸款室)
制定全市衛生事業中長期發展規劃，指導區域衛生規劃工作，統籌協調全市衛生資源配置，負責編制衛生事業預決算和執行財務會計制度；負責醫療衛生單位基本建設和設備及國有資產的監管；負責大型醫療設備的配置和管理；提出醫療服務價格和藥品價格的政策建議並監督實施；負責衛生統計:擬定衛生貸款項目計劃並組織實施。
(6)政策法規司
開展綜合衛生政策研究，組織制定綜合衛生政策和標準；組織協調起草相關地方衛生法規；審查本機關相關規範性文件的合法性；承辦行政復議、行政訴訟等法律事務。
(7)疾病預防控制部門
負責全市重大疾病防控工作，針對嚴重危害人民健康的公共衛生問題，制定重大疾病防控規劃、免疫規劃和幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，預防和控制傳染病、慢性非傳染性疾病、地方病、寄生蟲病的發生和傳染病的傳播；承擔法定報告傳染病疫情信息發布工作；承擔市防治艾滋病工作委員會辦公室的具體工作。
(8)愛國衛生辦公室
制定愛國衛生標準，組織愛國衛生活動和衛生創建；組織實施全市防治“四害”工作；組織實施農村村莊改水和衛生廁所建設；組織實施農村飲用水水質衛生監測和衛生學評價；負責農村環境衛生綜合整治和衛生村鎮創建工作。
(9)農村衛生管理辦公室
承擔農村衛生工作、初級衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理，制定相關政策，規劃並組織實施；負責指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生管理；監督和指導農村衛生政策的實施；承擔市初級衛生保健委員會辦公室和新型農村合作醫療領導小組辦公室的具體工作。
(10)婦幼保健和社區衛生司
負責婦幼衛生、社區衛生、健康教育工作，制定相關政策、計劃、規範並組織實施；監督和管理婦幼保健；制定地方婦幼保健標準；牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾；規劃社區衛生服務體系建設並指導實施。
11.醫療管理科(醫療服務監督科)
負責制定與醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理有關的政策、規範和標準，並組織指導實施；制定醫務人員的職業標準和服務規範；負責醫療質量管理；指導臨床重點專科建設；負責醫療急救體系建設、醫院藥學、醫院感染控制、臨床實驗室管理等相關工作；參與藥品和醫療器械臨床試驗的管理；負責醫療廣告的審查和醫療機構廣告的監管；負責監管戒毒醫療機構。承擔醫療機構醫療服務監管工作，組織醫療質量、安全、服務和財務評價的檢查監督；承擔推進公立醫院管理體制改革的任務；負責處理醫療事故和醫療糾紛。
(十二)藥物政策和基本藥物制度司
負責組織實施國家基本藥物制度；擬訂重慶市基本藥物采購、配送和使用的政策措施，會同有關方面提出鼓勵和支持國家基本藥物目錄內藥品生產的政策，提出國家基本藥物價格政策建議。
(十三)壹種中藥。
擬訂中醫藥(中西醫結合、民族醫藥)機構設置規劃；負責中醫醫療機構、人員、技術和廣告的資質審批和監督管理；負責中醫醫療質量管理，組織協調醫療事故的技術鑒定和醫療糾紛的處理；負責聯系中醫藥工作和中醫藥機構藥事監管工作；負責基層中醫藥服務；負責協調中醫藥服務體系建設。
(14)中醫二科
負責制定中醫藥發展規劃、科技教育專項規劃、綜合性工作計劃和政策措施；負責組織中醫藥科技項目的研究、評估、驗收和成果推廣；組織中醫藥理論、醫術、秘方、驗方的整理、總結、改進和推廣；負責中醫藥人才培養、學歷教育、繼續教育和師徒制；負責中醫藥綜合事務；負責聯系中醫藥行業協會和國際交流合作。
(15)衛生監督所
指導和規範衛生行政執法工作；負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所和飲用水的衛生監督管理；負責傳染病的預防和控制；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；監督重大醫療衛生違法行為。
(十六)食品安全綜合協調司
負責食品安全的綜合監管；組織制定食品安全地方標準，負責企業標準備案管理，負責食品安全風險監測、風險評估、信息發布和預警；承擔重大食品安全事故的組織調查工作。
(十七)科技教育司(國際合作司)
擬定全市醫療衛生科技發展規劃；組織重大醫藥衛生科技項目攻關；組織醫療衛生技術標準的研究；負責重點學科建設；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織和指導衛生專業技術崗位和社區衛生人員的培訓；參與制定醫學學歷教育的規劃和專業設置；承擔繼續醫學教育和畢業後醫學教育的組織工作；負責全市醫療衛生的國際合作與交流；開展與港澳臺的衛生合作。
(十八)衛生部
承擔市幹部保健委員會確定的保健對象和有關單位醫療保健對象的醫療保健工作；負責市直單位離休幹部的醫療管理；負責全市重要會議和活動的醫療衛生保障工作；負責中央領導和重要外賓來渝的醫療安排；承擔市幹部保健委員會的日常工作。
審計辦公室
制定全市衛生系統內部審計的規章制度；指導和監督衛生系統內部審計工作；負責組織實施下屬單位領導幹部任期經濟責任審計；負責重大項目的內部審計；協調配合市審計局等部門調查衛生系統行業審計或專項審計，並負責督促整改；指導下屬單位開展專項審計工作。
政府機關的黨委負責黨群工作。
退休人員辦公室
負責機關退休人員的管理，指導所屬單位退休人員的工作。
重慶市衛生局黨組書記、副局長夏永鵬。
主持衛生局黨組全面工作，分管組織部、人事部、離退休人員辦公室、藥品政策和基本藥物制度司。