鐵路局可在不違反本辦法的情況下，制定管內集裝箱運輸的補充辦法，並抄送鐵道部備案。第二條鐵路集裝箱分為1噸和5噸兩種噸位，在鐵路集裝箱辦理站之間運輸。集裝箱裝卸站在貨運裏程表中公布。
集裝箱主要用於運輸昂貴、易碎和潮濕的貨物。
下列貨物不得用鐵路集裝箱或企業自備的普通集裝箱裝運:
1.易汙染箱子的貨物，如生皮、骨頭、肥料、油脂、油漆、木炭油墨、水泥等。；
2.易損壞箱子的物品，如金屬塊、盤子等。(貨主企業自有的普通集裝箱除外)；
3.鮮活貨物(包括在某壹季節不易腐爛的貨物，可由鐵路局確定在壹定時間和區域內用集裝箱運輸)；
4.危險貨物(根據《危險貨物運輸規則》規定的普通貨物條件可以運輸的除外)。第三條集裝箱運輸的貨物必須是每批同噸位的集裝箱，至少有壹個集裝箱，其數量不得超過壹輛鐵路貨車最多可運輸的集裝箱數量。發貨人應在運單的“發貨人記錄項目”欄中註明每箱貨物的數量。運單不能填寫的，應逐箱填寫物品清單(可以用其他有物品清單內容的單據代替)，壹式三份，其中兩份由發站留存，壹份退發貨人。填寫貨物清單時，在“件數”欄填寫集裝箱號，在“件數”欄填寫件數。第四條鐵路應當向托運人提供完好的集裝箱。包裝前，發貨人應檢查箱子的狀況。如果發現箱子狀況不佳，可以要求鐵路更換。裝箱後，應將集裝箱的門關閉並密封，用10號鐵絲將集裝箱鎖緊裝置擰緊，並在集裝箱的門鎖上系壹個貨物標簽(壹噸集裝箱的吊環上再掛壹個)。禁止在箱子上張貼任何標誌。
托運人負責密封集裝箱。發貨人委托鐵路加封貨物的，應當在貨物運單“發貨人記載事項”欄內註明“委托鐵路加封”字樣，由鐵路以發貨人的責任加封貨物，並收取加封費。並在貨物運單上記錄集裝箱號和封箱號。第五條鐵路與發貨人或者收貨人應當相互交接集裝箱。重集裝箱以封箱現狀為準，空集裝箱以箱現狀為準。
托運人向鐵路托運重箱時，發現封條失效、丟失、站名無法辨認或未按封箱技術要求封箱，以及發現箱子破損等情況，應改進驗收。鐵路向收貨人交付重箱時，發現封識失效、丟失、站名無法辨認或者未按封識技術要求封識，發現箱損危及貨物安全的，鐵路應當會同收貨人對箱內貨物進行檢查。如發現貨物丟失或損壞，交貨時應編制貨運記錄，由責任單位賠償。
交接過程中發現集裝箱破損時，鐵路應及時編制集裝箱破損記錄(集中系統-4)。涉及發貨人或收貨人責任時，發貨人或收貨人應在集裝箱殘損記錄上簽字。由於托運人或者收貨人的責任造成鐵路集裝箱滅失或者損壞的，托運人或者收貨人應當負責賠償。由於鐵路責任造成企業自備集裝箱丟失或損壞時，由鐵路負責賠償。集裝箱的丟失或損壞應按實際發生的費用賠償。第六條集裝箱運輸的貨物重量由發貨人確定，每壹集裝箱不得超過該集裝箱的允許裝載量。
集裝箱的允許裝載量為:1噸集裝箱810公斤；5噸集裝箱4200公斤。
鐵路應對托運人確定的貨物重量進行抽查。超過集裝箱規定的允許裝載量裝載貨物的，除按規定加收運費外，還應加收貨物超載罰款。
發貨人未報貨物名稱或重量，給鐵路或第三者造成損失的，發貨人應負責賠償。第七條集裝箱的包裝和開箱應當由發貨人或者收貨人辦理。委托鐵路辦理案件時，鐵路應當收取規定的包裝費或者開箱費。取出容器後，應清潔容器並關上門。
發貨人應不斷改進貨物的裝載方法，在不超過集裝箱允許裝載量的情況下填滿集裝箱容積。它應該包裝牢固，以防止移動和倒塌。
裝載到卡車上的貨物和集裝箱的總重量不得超過卡車的允許載重量。第八條集裝箱辦理站應與發送或到達量大的地方交通部門和企業部門簽訂協議，積極組織地方交通部門、企業部門和鐵路部門的車輛，大力開展門到門集裝箱運輸。
集裝箱辦理站應根據發貨人或收貨人提出的貨物運單填寫並簽發“集裝箱門到門運輸作業單”(格式1)，並辦理嚴格的簽證手續。