中醫理論體系是在長期的臨床實踐中，在唯物主義和辯證思想的指導下逐步形成的，它來源於實踐，又反過來指導實踐。通過對現象的分析，探究其內在機理。所以中醫這個獨特的理論體系有兩個基本特點，壹是整體觀念，二是辨證論治。中醫基礎理論是對人體生命活動和疾病變化的理論總結，主要包括陰陽、五行、氣血、津液、臟象、經絡、運氣等理論，以及病因、病機、診斷、辨證、治療、預防、養生等理論。陰陽是宇宙中相互聯系的事物或現象的對立性質的概括。起初是指陽光的背面，對陽光為正，對陽光為負。陰陽的相互作用包括:陰陽相生、對立制約、相互利用、消長平衡、相互轉化。
陰陽學說屬於中國古代哲學的範疇。鄧的現代陰陽是對“對立統壹”或“矛盾關系”的劃分或細分，二者是種屬關系。對立統壹規律是“陰陽”的上位概念，陰陽是對立統壹的兩個下位概念。
陰陽是壹對互不相容又密切相關的對立面。陰陽的內涵是相互否定的。壹個概念“陰”肯定對象的陰屬性，另壹個概念“陽”把陰的概念所肯定的屬性的否定作為對象的陽屬性。
陰陽的外延是互斥互補的，其和等於其最近的類屬概念的外延，即兩個概念的外延之和或並。
陰陽是對立統壹或矛盾關系中兩種不同性質和屬性的壹對哲學或邏輯範疇的概括，即兩個事物或壹個事物相互依存、相互聯系、相互對立、相互排斥、相互否定，是壹對對立起源的並列概念。鄧禹對陰陽的現代概念和定義。
人們通過對矛盾現象的觀察，逐漸把矛盾的概念上升到陰陽的範疇，用陰陽的盛衰來解釋事物的運動變化。陰陽學說認為，世界是物質的，物質是由陰陽構成的，凡是朝氣蓬勃、外向向上、溫暖明亮的事物都屬於陽。相對靜，守，降，寒，黯，都是陰。所以有陰陽兩個對立面，在陰陽盛衰和對立統壹的影響下，相互孕育、相互制約、相互變化，形成世間萬物。中醫用陰陽對立統壹的概念來解釋人體上下、內外的復雜關系，以及人的生命與自然、社會的外部聯系。陰陽對立統壹的相對平衡是維持和保證人體正常活動的基礎。陰陽對立統壹的失衡和破壞，會導致人體疾病的發生，影響生命的正常活動。五行學說是中國古代哲學的重要成果，它用木、火、土、金、水五個哲學範疇概括了客觀世界中不同事物的屬性，用五行的動態模型說明了事物之間相互聯系和轉化的規律。五行學說中，五臟與五行相配，即肝與木、心與火、脾與土、金與肺、水與腎。五臟和五行要相對平衡，穩定，和諧相處。如果五臟五行失衡，也會導致疾病的發生，這就為推斷疾病和治療方法的改善和惡變提供了充分的依據。中醫主要用五行學說來解釋五臟之間的功能關系和臟腑失調時疾病的發生機制，也用來指導臟腑疾病的治療。
在中醫中，五行反映了人體五個系統與這五種屬性之間的關系。木、火、土、金、水五個符號分別代表肝、心、脾、肺、腎所領導的五大系統。中醫研究的不是微觀的病毒、細菌如何作用於人體的理論，而是整個人體各個系統之間的關系，通過中醫、按摩、針灸甚至心理作用來調節各個系統之間的平衡，從而保持身體健康。
五行的相互作用包括:互生、互抗、克制、勝利、互辱、相乘、母子和睦。氣血津液是構成人體的基本物質，是臟腑經絡等器官生理活動的物質基礎。
氣是構成人體和維持人體生命活動的最基本物質。它具有促進、溫暖、防禦、固定和氣化等生理功能。氣體聚合在壹起，就形成了壹個有機體，氣體散了，身體就死了。莊子說“天下壹息”，天下壹息。有了這壹口氣，妳就會運動，妳永遠不會停下來，妳永遠不會停止改變，沒有這壹口氣，妳就完了。
血液是構成人體和維持人體生命活動的基本物質，具有很高的營養和保濕作用。血液必須在脈搏中運行才能發揮其生理作用。血液在靜脈中循環，由內而外直達臟腑，直達骨肉，不斷地對全身的器官組織起到充分的滋養和滋潤作用，維持人體正常的生理活動。
津液是指人體內部的體液和器官的正常分泌物，是所有正常體液的總稱。津液的性質、功能和分布部位是不同的。津液是指它是稀薄的液體，分布在體表的皮膚和肌肉中，可以註入血管，起到滋潤的作用。液是指較稠、較少的液體，流入關節、臟腑、腦髓等組織，起滋養作用。
氣血津液是臟腑經絡等器官生理活動所需的能量，氣血津液依賴於臟腑經絡等器官的正常生理活動。如果氣血津液不正常或臟腑經絡等器官不能進行正常的生理活動，就會發生疾病。臟腑學說主要研究五臟(心、肝、脾、肺、腎)、六腑(小腸、大腸、胃、膀胱、膽囊、三焦)和奇腑(腦、髓、骨、脈、膽、子細胞)的生理功能和病理變化。
藏:指人體內的五臟和奇恒之府，俗稱臟腑。象:壹指“象”，即臟腑的解剖形態；二指“征”，即臟腑的生理病理表現；三指“應象”，即臟腑對應四時陰陽之象。
通過外在“象”的變化，了解內在“藏”的生理病理狀態，稱為“從象觀藏”。即“觀其外而知其內。”
“臟腑”不僅僅是解剖類型的概念，更是壹個包括解剖、生理、病理的綜合概念。
五臟:指肝、心、脾、肺、腎，具有“化生藏精”的壹般功能。
六腑:指膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦，其總的功能是“分解水、辨濁、揚渣滓”。
奇恒宅:指“腦、髓、骨、脈、膽、子細胞”
氣血津液氣血津液是構成和維持人體生命活動的基本物質。
氣的產生源於先天和後天。先天來自父母之精，稱為“先天之氣”肺部吸入的天然清氣和脾胃產生的儲水之氣統稱為“後天之氣”。
氣有升、溫、守、固、氣化、營養的作用。
人體之氣可分為元氣、宗氣、養氣、衛氣、臟腑之氣和經絡之氣。
氣的升降運動異常，稱為“氣病”，其表現為氣滯、氣郁、氣逆、氣郁、氣脫、氣閉等。
經絡理論，見針灸穴位。
經絡是人體運行氣血，連接臟腑、身體、臟腑、竅竅，溝通內外的通道。
經絡系統包括十二經脈、十二經脈、奇經八脈、十五經脈、浮絡、太陽絡、十二經脈、十二皮部。
經絡在中醫中的重要性正如扁鵲·舒心所說:“學醫不了解經絡，說話就會錯。蓋經絡不明，無從得知病證之根，究其陰陽傳變。”《黃帝內經》將病因分為陰陽:“生於陽者得風、雨、寒、熱”，“生於陰者得食、蔽、陰陽、怒”。
《漢書·金匱要略》中，張仲景將病因分為三類:“經絡受邪氣入臟腑，為內因”，“四肢九竅，血行下通，淤血不通，為外感皮膚所致”，“心房、金刃、蟲獸受傷”。
宋代陳武宣提出“三因”說:外因、內因、非內因。
在現代，原因分為五類:
外感病病因:包括六淫(風、寒、夏、濕、火燥)和疔瘡。
內傷病因:包括七情(情緒、憂慮、悲傷、恐懼)、飲食不當、疲勞。
次要原因:包括痰、血瘀、結石。
其他原因:包括外傷、寄生蟲、胎傳、各種毒物、藥物治療等。
邪氣和正氣交戰，決定了發病和疾病的發展變化。也被稱為“善與惡的鬥爭”
“邪”是指各種致病因素，而“健”是指人體的自我修復和調節能力、對環境的適應能力、抗病能力等。
“正氣不足”是該病的內在基礎，即“邪合，其氣必虛”，“正氣存內，邪不可為”。
體質、情緒、地域、氣候等。與發病密切相關。
病機病機病機是疾病發生、發展、傳播的機制，又稱“病理”。
基本病機包括:邪氣升降，陰陽失調，氣血失調，津液代謝紊亂。
內生五邪，包括:內生風、內生寒、內生濕、內生津傷燥、內生火。
病位的傳播包括:表裏不符、六經傳播、三焦傳播、衛氣營血傳播、臟腑傳播等。
疾病的轉化包括寒熱轉化、虛實轉化等。中醫認為，元氣是人體最基本、最重要的氣，由先天之腎所藏，後天之脾胃所養，由三焦、經絡分布、彌散於全身。