然而，進入20世紀90年代後，中國古代有沒有科學越來越成為壹個問題──因為許多學者極力主張中國古代有科學。所以“是”和“不是”兩派各爭各的優勢，拓展了在這個問題上思考的深度和廣度。
上世紀90年代初，《天學本原》壹書出版後，逐漸被“吳”派視為有用的武器，並不時向“尤”派揮舞——因為這本書用大量史料和分析證明中國古代沒有現代意義上的天文學，被認為從壹門學科上客觀上為“吳”派提供了佐證，也提供了新的論證思路。
另壹方面，“妳”派的論點“有許多絕妙的想法”:
比如先改變科學的定義，把科學定義為中國古代就有的東西(至少是他們認為存在的東西)，然後斷言中國古代就有科學。大家都知道，只要定義得當，結論當然可以有它想要的任何東西，但它實際上已經改變了話題，爭論沒有意義。
再比如，因為“否”派通常認為現代科學的源頭在古希臘，“是”派試圖證明古代西方國家沒有科學，比如古希臘沒有科學的源頭，所以要麽古代中國和西方差得差不多，大家都沒有科學；或者允許使用極其寬泛的定義——讓每個人都有科學。
國內“妳”們願意采納的科學定義，往往是無限寬泛的。比如把“科學精神”定義為簡單的“實事求是”，聽起來很有道理，但這種“科學精神”幾千年來肯定存在於世界上所有民族和文明之中——甚至存在於大猩猩身上。這有多值錢？如果證明中國古代就有這樣的“科學精神”，能給我們增添多少榮耀？所以，采用這樣壹個寬泛無邊的定義，只能把“科學”這個概念庸俗化，卻很難得出有意義的結果。
有人問:如果古希臘有科學的源頭，如何解釋直到伽利略時代，科學發現基本上是緩慢的，至少不是以快速增長或指數增長的形式，而是經歷了漫長的中世紀？這個問題看起來很振振有詞，似乎壹棒子就能把對方悶死。其實只是壹個沒有效果的空招。中國有句成語，“枯木逢春”──長冬看似枯死的枯樹，每年春天長出新綠，盛夏遮陰。妳怎麽能因為它冬天沒有出現新綠就否認它還是原來的樹呢？事物的發展和演變需要外部條件。中世紀歐洲遭遇巨變，古希臘科學失去了繼續發展的條件。直到文藝復興之後才壽終正寢。再比如長江的源頭在西方，但從東方流入大海需要很長壹段路。妳怎麽能要求它壹下來就進大海呢？
爭論中國古代是否有科學，具有明顯的現實意義。
站在某些“有”人的立場上，壹方面證明中國古代的科學可以“提高民族自信心”──他們中的許多人總是有意無意地想把學術研究與“愛國”等非學術因素聯系起來，試圖使自己在爭論中處於有利地位。另壹方面，證明中國古代有科學，也可以拓展他們的研究領域，或者讓他們的壹些活動更加學術化。因為他們很多人對周易、陰陽、五行、八卦、占星、煉丹術、風水有著永恒的熱情，渴望為這些“東方智慧”平反，讓這些東西進入科學殿堂。他們相信“三十年河東，三十年河西”之類的“風水輪流轉”——他們相信歐美引領科技風騷的時代很快就會過去，“輪到中國了”。而“中國之變”後中國靠什麽引領風騷？他們認為這取決於周易、陰陽、五行、八卦、占星術、煉金術和風水。所以他們希望通過論證中國古代有科學，更容易“正名”這些神奇的方法。
最後，我們回到《周易》的問題。周易系統原本是中國學者不斷建構的數字神秘主義系統。當然，這個體系中有壹些古人的哲學觀、倫理觀甚至自然觀，在中國古代確實影響很大，但與現代意義上的科學無關。這是顯而易見的事情，就像《采花》和《西廂記》與現代科學無關壹樣。
有些人總喜歡談論《周易》與二進制數學的關系，把它作為《周易》與科學有關的重要證據，而另壹些人則試圖證明二進制數學並沒有受到《周易》的啟發。在我看來，這些爭論意義不大。作為壹個古老的數字神秘主義系統，易經有壹些符合二進制的東西，這並不使它具有“科學”的價值，甚至使它與科學聯系在壹起。就像人們在鸚鵡螺的殼上發現符合壹定數學規律的曲線(自然界中有很多例子)，並不意味著鸚鵡螺就是“科學的”，更不意味著那些數學知識是受鸚鵡螺啟發的。
至於中國的科學為什麽落後(其實可能永遠不先進，但技術先進了)，不能歸結於壹兩本古書——其實也沒人這麽做過。我覺得美國加州大學的鮑瑞嘉有壹些參考價值。他認為造成中國“科學滯後”的文化因素有五:壹是傳統哲學中認識論的形式主義；第二，傳統哲學方法論中狹隘的經驗主義；三是近代中國盛行的教條主義的科學主義；第四，政治文化中的封建官僚主義；五、行為方式中的強制倫理。他的理論不僅僅著眼於古代，這才是他更出彩的地方。“教條的科學主義”表面上把科學擡高到了至高無上的地位(把《周易》硬綁在科學上等做法就是受此影響)，實際上對科學是有害的。