(壹)鄉鎮審計的法律地位長期得不到解決。
國家審計以國家審計法及其相關規定(如取證、報告)為保障，註冊會計師審計以註冊會計師法、獨立審計準則、獨立審計實務公告為保障。但農村審計在取證、審計報告、審計檔案等方面沒有國家法規和具體規定，鄉鎮審計的法律地位長期得不到解決。農業部作為農村工作的行政主管部門，於1992制定頒布了《農村合作經濟組織內部審計暫行規定》，並於2007年修訂為《農村集體經濟組織審計規定》，從總體上規範了鄉鎮審計工作。按照這些規定，農村審計的主體應該是農業行政部門，這給農業刑偵部門在實際審計工作中兼顧管理和監督雙重職能以及如何協調與審計部門的關系帶來了壹定的困難。目前，還沒有關於鄉鎮審計的全國性法律法規，只有少數地方性法規。壹方面，審計的威信大打折扣，無法發揮應有的監督和懲罰作用；另壹方面，審計監督面臨經費不足的問題，無法有效開展工作。因此，有必要加快鄉鎮審計立法，將其納入國家審計，明確其性質和地位。這樣可以減少鄉鎮審計的阻力，強化審計結果的意義，增強鄉鎮審計的權威性，使鄉鎮審計常規化、穩定化。
(二)鄉鎮審計體制沒有理順，獨立性不強。
鄉鎮審計體制尚未理順，具體體現在:(1)鄉鎮審計機構不健全。許多市縣尚未建立鄉(鎮)農村審計站，所有鄉(鎮)相關審計事項均由其市農審站統壹辦理，導致“頭重腳輕”現象，導致審計行動不便，工作不理想；(2)鄉鎮審計的獨立性不強。審計的三個特征中的第壹個是獨立性。客觀公正取決於獨立性的強弱，獨立性是審計工作的靈魂。目前，鄉鎮審計機構與農經機構采取“壹人兩牌”的做法，使審計人員全部兼職。他們要承擔農民負擔、農村承包和集體資產管理，還要開展農村審計工作，這是不可避免的，而審計工作往往被排除在農業經濟工作的重點之外。幾年來，鄉鎮審計在夾縫中掙紮求存，無法獨立履行職能。
(三)審計人力資源不能有效整合，鄉鎮審計人員素質低。
審計工作的特點決定了審計人員必須具備豐富的審計專業知識和會計、法律等相關知識。從知識結構看，農村審計人員知識水平不高，結構單壹，缺乏復合型審計人員；從審計手段來看，農村審計大多是傳統的手工審計，普及計算機審計離農村審計現狀還很遠；從運用國家政策、法律、法規和審計知識來看，不能與農村經濟活動的實際相結合，不能滿足農村審計的需要。因此，能夠按照審計法實施條例的要求獨立完成審計任務的審計人員只有少數。目前，鄉鎮審計人員的結構和業務素質已不適應農村審計工作的要求。
(四)鄉鎮審計問責制存在的問題
首先，基層政府機構權責不清或者沒有權責是行政系統的通病，尤其是鄉鎮。責任主題和責任歸屬的模糊，給鄉鎮問責制的責任界定帶來了極大的模糊性，也會成為相關責任人開脫自己的借口。
第二，問責範圍太窄。目前，農村審計問責的範圍僅限於貪汙賄賂和違規使用資金，從未涉及失職瀆職、重大決策失誤、監管不力等領域。換句話說，問責範圍相當狹窄，甚至壹些鄉鎮壹級的地方行政權力實際上處於無風險運行狀態。這使得相當壹部分農村基層幹部抱著“無過錯就是功德”的心態，嚴重影響了受托責任的執行效率。
最後，鄉鎮審計問責制大多局限於行政問責。問責制是針對官員不當行政行為或個人失職的公正制度。然而，目前的審計問責只註重責任官員的行政責任，而回避官員的法律責任。審計報告更像是政府內部的調查報告，只是以公開的形式向社會公開，但其處理方式仍帶有濃厚的行政色彩。被審計部門和官員預期的最壞後果無非是行政處分:記過、降級或撤職。如此壹來，即使某些行政領導有重大失職，也能大事化小，大事化小，最終安然無恙。
(五)鄉鎮審計環境差
鄉鎮審計環境差，主要表現在:(1)鄉鎮會計資料不全，審計範圍有限。據調查，鄉鎮存在賬冊不全、收據不全、會計檔案管理混亂等現象，給審計工作增加了難度。(2)鄉鎮幹部和群眾對審計工作認識不夠。壹些農村幹部壹談到審計，就認為審計人員是故意找麻煩，抵觸情緒強，工作不配合，而有的人則把審計人員當成萬能的“包工頭”，可以解決農村經濟管理中的壹切問題，期望很高，失望很大。(3)農村審計機構之間橫向聯系太少，如與公安等部門合作較少，而這些部門在接觸到農村審計人員出具的審計報告時，往往以“農村審計報告是否具有法律效力？可以作為審判的依據嗎？”等提問。
(六)鄉鎮審計結果執行機制不健全。
鄉鎮審計結果的落實和應用是目前的薄弱環節。首先，鄉鎮審計結果公告制度不健全，審計發現的重大問題不公開或只在小範圍內公開，廣大農民缺乏知情權。其次，壹些地區審計部門未與組織部門和紀檢司法機關建立固定聯系制度，審計結果在農村幹部任用和財經法紀建設中沒有發揮作用。最後，審計處理處罰範圍窄，力度太輕，沒有威懾力。
(七)審計水平低，審計方法落後。
隨著經濟體制改革和政治體制改革的深入，鄉鎮政府的職能逐漸向公共財政體制轉變，從直接管理轉向間接服務和間接調控經濟。鄉鎮領導和農村群眾不再滿足於查出幾起腐敗違紀案件，而是更加關註國有資產、財政資金、集體資產的效益，對審計提出了更高的要求。目前鄉鎮審計主要以監督檢查、查錯糾錯為主，多為事後糾正和糾錯，很少參與鄉鎮經濟決策服務。如何根據新形勢的需要和審計自身發展的要求，將審計內容從傳統的財務收支審計轉變為現代的經營審計、管理審計和績效審計，如何將審計方式從事後審計轉變為事中審計和事前審計，如何處理好監督與服務的關系等。，鄉鎮審計還有很長的路要走。