保護範圍由石林遺址管理機構(以下簡稱管理機構)按照批準的界限劃定，並向社會公布。第五條石林遺址的保護和管理應當堅持科學規劃、嚴格保護、統壹管理、永續利用的原則。第六條自治縣人民政府管理機構負責石林遺產的保護和管理，其主要職責是:
(壹)宣傳、貫徹本條例和有關法律、法規；
(二)組織實施石林遺址規劃，制定具體保護措施和管理制度；
(三)負責組織石林遺址環境和資源的監測、調查、評價、登記和備案，組織科學研究、科普和宣傳；
(四)加強與國內外自然遺產保護機構和國際組織的交流與合作，提升和展示石林遺產地的環境和資源價值；
(五)協調有關部門處理石林遺產保護和利用的相關事宜；
(六)協助管理石林遺址範圍內的基礎設施和其他公共設施；
(七)行使本條例賦予的行政執法權。
自治縣規劃、住房和城鄉建設、文化、林業、農業、環境保護、國土資源、水務、民族宗教、旅遊、公安、交通等有關部門應當按照各自職責，做好石林遺址的保護和管理工作。第七條自治縣人民政府設立石林遺址保護管理資金，專項用於石林遺址的保護和管理。資金來源包括:
(壹)本級年度預算資金；
(2)上級扶持資金；
(三)專項資金；
(四)資源有償使用費；
(五)捐贈資金；
(六)其他資金。第八條自治縣人民政府應當加大對石林遺址保護範圍內基礎設施的投入，完善公共設施建設，改善當地居民的生產生活條件。第九條管理機構應當做好石林遺址保護範圍內的封山育林、退耕還林、植樹造林工作，加強對野生動植物種源繁殖、生長和棲息地環境的保護，保持珍稀瀕危動植物集中地的原貌。
對影響石林遺址保護和妨礙旅遊區遊覽，確需砍伐樹木進行撫育或更新的，管理機構應報自治縣人民政府審批。第十條石林遺產規劃由自治縣人民政府組織編制，並按照規定報經批準後實施。經批準的石林遺址規劃不得擅自變更，確需修改的，應當按照原審批程序報批。第十壹條石林遺產地的規劃編制應當突出遺產地的普遍價值，保持其完整性和真實性，有利於保護地質地貌、地質遺跡、文物古跡、生態演變過程、自然審美價值、生物多樣性和瀕危物種，維護當地居民的合法權益。
石林遺產地規劃應當與城鄉規劃、土地利用總體規劃等相關規劃相協調。第十二條禁止以任何名義或變相轉讓或變相轉讓石林遺產地資源。第十三條管理機構應當采取措施，加強對石芽、石峰、石筍、鐘乳石、石柱等石景的保護，保持其原有風貌。第十四條石林遺址保護範圍內的建設項目應當符合石林遺址規劃，並與周圍景觀相協調。對不符合石林遺址規劃的原有建築物、構築物和其他設施，應當依法逐步拆除或者搬遷。第十五條石林遺址保護範圍內的建設項目應當嚴格按照石林遺址規劃實施，有關部門在辦理審批手續時，應當征得管理機構的書面同意。
石林遺址保護範圍內的居民生產生活服務設施和公益事業建設，由自治縣城鄉規劃主管部門依法核發用地許可證。第十六條石林遺址保護範圍內經批準的建設項目，應當在施工前由管理機構備案。施工單位應當在施工方案中制定具體措施，保護周圍景觀、植被、水體和地貌，施工結束後應當及時清理施工現場，恢復周圍環境原貌。第十七條自治縣人民政府應當加強對石林遺址內阿詩瑪文化等彜族傳統文化及其他相關場所和物品的保護，並編制保護發展規劃。