兩者的區別在於:
(1)系統初始化設置存在差異。手工會計的初始化包括建立會計科目、開設總賬、登錄余額等。會計電算化的初始設置比較復雜和困難，主要包括會計系統的安裝、賬套的設置、網絡用戶的權限設置、操作員和權限的設置、軟件運行環境的設置、會計科目級別和位長的設置、會計科目及其編碼的設置、最明細科目初始余額的輸入、憑證類型的設置、自動轉賬分錄的定義、會計報表名稱、格式和數據源公式的定義等。
(2)科目的設置和使用有差異。在手工核算中，由於手工核算的局限性，賬戶分為總賬和明細賬，明細賬大多只設置到三級賬戶。此外，開設輔助賬戶以滿足管理會計的需要。科目的設置和使用壹般只有語文科目。在會計電算化中，計算機可以處理各種復雜的工作，科目的級數和位長的設置隨軟件的不同而不同。有些財務軟件可以設置課程數在6門以上，完全滿足明細核算的需要。除了設置語文科目，還是要設置語文科目對應的科目編碼。使用科目時，計算機只要求用戶輸入某壹科目代碼，而不要求輸入中文科目。但在顯示和打印時，壹般會同時顯示中文科目和對應的科目代碼。
(3)會計程序有差異。手工核算根據企業生產規模、經營方式、管理形式的不同，采用不同的核算形式。常用的會計程序有記賬憑證記賬表、賬戶匯總記賬表、匯總記賬憑證記賬表、日記賬記賬表等。對業務數據采取分散采集、分散處理、重復登記的操作方式，通過多人員、多環節進行內部牽制和相互核對，目的是簡化核算程序，減少舞弊和差錯。在電算化會計中，壹般根據檔案設置來確定。常用的有日記賬文件核算表和憑證文件核算表。在計算機會計系統中，通常只使用壹種會計表格來集中收集、處理和共享數據。
(4)賬簿格式存在差異。手工核算時，賬簿的格式可分為定制賬簿、活頁賬簿、卡片賬簿三種，現金賬簿、存款日記賬、總賬必須采用定制賬簿。但是，在計算機會計系統中，由於打印機的條件限制，無法打印定制的賬簿。因此，根據《會計電算化規範》的規定，所有賬頁均可采用活頁形式打印，裝訂成冊；總賬賬戶頁的格式包括傳統的三欄式借款總賬和賬戶匯總總賬，後者可以替代前者；明細賬的格式可以是三欄式、多欄式、數量-金額式。
(5)平行投檔有差異。手工記賬時，壹個會計根據已審核的記賬憑證，或科目匯總表，或匯總記賬憑證，登錄總賬，另壹個會計根據原始憑證或記賬憑證，並行登錄明細賬，月末檢查是否相等。因為兩個會計可能會在登錄時出錯，所以並行過帳可以檢查錯誤。而在電算化會計中，總賬和明細賬的數據都是來源於原始憑證或記賬憑證。計算機根據登錄總賬和明細賬的程序命令，將記賬憑證數據庫中的數據傳送到總賬數據庫和明細賬數據庫中，計算機內部操作不可能出現數據操作錯誤，所以在電算化會計中總賬金額始終等於明細賬金額。因此，平行分錄的核對功能在會計電算化中已經失去了原有的功能。
(6)日記賬和明細賬的作用不同。在手工核算中，通常只對現金和銀行存款設置日記賬，以便及時記錄貨幣資金的發生情況，從而實現與貨幣資金的每日結算，做到錢賬清。憑證信息比較分散，不方便查詢。明細賬的設置只是為了方便憑證的查詢，但任何主體重新登錄明細賬都很費時且容易出錯。在電算化會計中，雖然任何科目都可以有日記賬和明細賬，但日記賬和明細賬中的數據都來自於會計憑證。由於計算機這壹高效工具，在會計軟件中為會計憑證提供了各種查詢條件，如日期、憑證號、科目編碼、要素、公司名稱、憑證號、錄入員、審核人、借方金額、貸方金額、收入金額、余額等。查詢方式分為四種:明確查詢、自由查詢、組合查詢和模糊查詢，可以查詢企業的所有業務信息。從這個角度來看，明細賬在CAIS的意義已經不再重要，可以取消。根據財政部的規定，明細賬壹年可以輸出壹次，只是為了存檔的需要。
兩者的相似之處在於:
(1)系統目標壹致。兩者都是記錄和核算企業的經濟業務，其最終目的都是為了加強管理，提供會計信息，參與經營決策，提高企業的經濟效益。
(2)保管會計檔案。會計信息檔案作為會計信息系統的輸出，必須妥善保管，便於查詢。
(3)人人都應遵守國家的會計財務制度和財經法規，嚴格執行會計實施的法律法規，堵塞壹切可能的措施、技術和制度漏洞，杜絕營私舞弊，防止作弊。
(4)系統的基本功能相同。任何信息都應該具有五種功能:信息獲取、輸入、存儲、處理、傳輸和輸出。
(5)采用的基本會計理論和方法壹致。兩種制度都應遵循基本的會計理論和方法，都采用復式記賬原則。
(6)編制會計報表的要求相同。兩個系統都要編制會計報表，都要按照國家要求編制企業對外報表。