傳統的手工會計系統中，審計線索十分明了，從原始憑證、記賬憑證、總賬、明細賬、匯總表直至會計報表，每壹步都會有文字記錄和驗收人的簽名，審計人員可以從最初的會計憑證開始，對發生的經濟業務進行逐壹審核，直到形成最終審計結果；也可以采用逆查法，從會計科目的余額開始，逆向核查，直至原始憑證，從而形成順查法和逆查法等審計方法。
實行會計電算化後，審計線索發生了變化。會計數據的存儲介質和形式、會計數據的生成和傳遞形式都發生了變化，沒有了傳統的文字記錄和賬簿，取而代之的是存儲磁盤，使得從原始數據的錄入和財務報表的輸出都只能通過計算機來完成。傳統的審計線索消失了，審計人員就很難甚至根本無法通過肉眼跟蹤會計業務的處理，也無法用傳統的方法考查會計檔案數據的安全性、完整性和準確性。
傳統的查賬方法已不完全適用在會計電算化系統。為了更有效地審計會計電算化系統，應將審計需求納入到財務軟件的系統設計和開發中，系統的各種數據文件都應留下審計線索，除應保證會計據文件的打印輸出外，還應將會計數據文件以可審計的形式進行儲存和備份，例如應保留應收、應付款等經濟業務的詳細記錄，而不能只留下更新後的余額。
2.對內部審計技術方法的影響
在手工會計系統的情況下，審計人員主要采用手工核對賬目、核對憑證、函證等操作，但是這些手工方式在電算化系統下會失去效果，因為通過電腦數據庫輸出的數據正確與否，主要取決於計算機，而非審計人員本身。
審查壹般采用審閱、核對、分析、比較和調查等方法，也是由人工完成的。雖然電算化下人工審查技術仍有必要，但計算機輔助審計，效率更高。審計人員在掌握計算機知識及其應用技術的前提下，應先對電算化系統的可靠性進行核查，必要時采用專業軟件來測試系統的穩定性、準確性，把計算機當作壹種提高審計質量和效率的有力工具來使用，並要不斷的積累經驗。企業應采用既規範又具有充分保留和提供審計線索功能的審計軟件，如 ：ERP軟件，因為其在初始錄入憑證時有壹條記錄記載，在改動、刪除時，並不是在原記錄上變動，而是另有記錄反映。這樣，審計人員在審計時，同壹筆業務有哪些改動，什麽時問改動的，由誰操作的，具體在哪項功能中變動的，均可壹壹查出，每壹筆處理都留有痕跡，這就為審計工作提供了線索和方便 .
由此可見，新的內部審計已經涉及到信息技術和財務手段等多學科知識相結合的技術方法，所以，企業應根據財務制度和內部審計的需要，建立健全有關的規章制度，規範審計方法和手段。
3.對內部審計人員的影響
眾所周知，在手工系統中，審計人員憑借自己的經驗、專業知識，結合運用各種審核檢查的方法，就可以達到目的。然而在使用會計電算化系統以後，審計各方面都發生了很大變化：審計線索、內容和技術手段都發生了改變，使得審計人員無法很難實施跟蹤審計，並且壹些審計人員不熟悉電算化系統，無法識別、審查內部控制，也就無法參與審計工作。因此，審計人員除需具備豐富的會計、財務、審計等方面的知識和技能且熟悉有關政策，法令法規之外，還應具備壹定的計算機知識，對會計電算化系統有壹定的了解，對會計電算化系統有可能出現的錯誤及舞弊要有清楚的認識。
重要的壹點，審計人員不僅要熟練地運用計算機進行審計，還應拓展知識面，參與計算機高級語言的培訓，以及計算機審計方法的培訓，如數據模擬檢測法、程序追蹤法和程序編碼控制法等，這樣，審計人員必要時可以根據實際工作的需要編寫出自己的電算化審計系統，從長遠來看，這是很有必要的。
4.對內部審計內容的影響
電算化會計信息系統的內部審計內容，就應當包括系統的開發與設計、會計軟件的程序、數據文件以及內部控制的審計等。審計人員在電算化系統的設計、開發階段，應當參與系統的設計、調試、檢驗和驗收，除了對系統的合法、合規、安全可靠等方面及時發現問題之外，特別要從審計角度審查系統的可審性、審計線索的設置等。