第壹，從本質上講，司法權和行政權是有區別的:
司法權和行政權追求不同的價值目標。司法權追求的價值目標是“公正與效率”。在追求公正的同時，兼顧效率、效益等其他價值目標。與司法權不同，行政權追求的價值目標是“效率、秩序、正義”，在追求行政效率和秩序的同時兼顧正義等其他價值目標，但效率和秩序是行政權追求的首要目標。
(二)司法權和行政權的性質不同。司法權是壹種裁判權，是指在訴訟過程中，法官根據預設的法律規則和原則，對雙方當事人之間的爭議事項進行審理，然後作出結論性的、具有執行性的裁判結論，以權威的、最終的方式解決爭議的壹種國家權力。司法權作為壹種裁判權，具有中立性和獨立性，要求法官在處理各種糾紛時做到超脫、公正、居中裁判，以實現司法權的基本價值追求——正義。行政權的性質是不同的。行政權是壹種處置權，即行政機關根據壹定的原則和方法，按照自己的單方意誌，對行政相對人作出某種行政處置決定的權力。行政機關在行使行政權力和行為時，本身就是行政法律關系的當事人，在法律關系中占據主導地位。因此，行政權力不可能是中立的。
(3)司法權和行政權的功能不同。司法權和行政權的社會功能是不同的。司法權的功能:壹是以國家強制力為後盾，通過設置正當程序，迫使違反義務的壹方履行義務或承擔法律責任，或者確認糾紛雙方的權利義務關系，使受害方的權利得到恢復或救濟，從而平衡當事人之間的利益沖突；二是通過司法權對行政權的制約和監督，防止行政機關濫用行政權侵犯公民個人權利，平衡個人利益和國家利益。因此，司法權的設立和行使的主要功能是為各種權利提供壹個最終的救濟渠道，對各種國家權力施加壹種特殊的審查和控制機制，從而為個人表達冤情和訴諸法律提供壹個基本的途徑，使憲法所確立的那些公民權利得到現實的保護。行政權的功能是通過行政主體的行政活動，促使行政相對人自覺遵守和維護行政法律法規，以實現行政機關管理社會事務和公共事務的目的。雖然行政權力在運行過程中也會涉及到對公民個人權利的保護，但行政主體在進行行政活動時是作為國家利益或公共利益的代表和化身而出現的。因此，行政活動所產生的直接的、主要的法律功能就是有效地維護國家利益和公共利益，從而保證國家的行政秩序不會被個人的行為所破壞。
(4)司法權和行政權的運行方式不同。司法權與行政權的主要區別在於司法權的行使是被動的。司法權的被動性是基於司法公正的最高價值追求和司法中立的需要。司法中立要求司法權的行使必須是被動的而不是主動的，否則可能破壞司法公正。司法權能夠獨立存在的價值在於，它能夠充分保障公正的實現。司法的被動性要求，在當事人未提起訴訟的情況下，即使違法，法院也不得以保護當事人合法權益為借口主動啟動訴訟程序。當然，司法權行使的被動性只是訴訟開始時的被動性。司法權壹旦啟動，在訴訟中未必總是處於被動和消極的狀態。司法權作為司法權的主要內容，在司法權啟動所引發的訴訟法律關系中將發揮極其重要的能動作用。行政權是基於及時有效實施行政管理的需要而產生的，它明顯具有主動性的特征。
行政權介入社會生活的方方面面。即使在嚴格實行三權分立的國家，行政權的行使也呈現出擴大的趨勢。壹般認為，政府對於社會福利的改善、人民生活水平的提高、社會環境的治理、各種災害的預防和消除、綜合國力的增強，都有著不可推卸的責任。與司法權相反，行政機關不能對違法行為和侵犯公民權益的行為視而不見。行政權行使的主動性和發展性是社會發展的必然。與這壹必然發展趨勢最密切相關的是，人們不僅要求行政機關提供積極有效的服務和良好的福利，而且要求對行政權力的擴張和擴大進行有效的監督，對行政權力侵犯公民權利的行為給予法律救濟。所以有權力就有制約，有損害就有救濟。司法權的運行過程就是對行政權進行監督和制約的過程。
二、從形式上看，與行政相比，司法具有以下特點:
(1)獨立性。在組織技術上，司法機關只服從法律，不受上級機關或行政機關的幹涉。行政機關實行“行政首長負責制”，下級機關必須服從下級機關，壹級必須服從壹級，所有行政人員最終都要對行政首長負責；
(2)被動。法律適用活動通常的機制是“不訴不理”，司法程序的啟動離不開權利人或特定機構的請求或訴求，但司法機關絕不能主動提起訴訟。行政機關的行政管理往往掌握主動權；
(3)談判。法律適用的過程離不開多方的參與:在刑事訴訟中，控辯雙方需要進行辯論、質證和對抗；訴訟中需要原被告與被告之間的協商、談判和辯論。行政權的行使更多的是行政機關的命令；
(4)程序性。法律適用的過程離不開多方參與訴訟。司法機關作出的判決必須在直接受判決影響的所有當事人的參與下，通過出示證據和理性的說服辯論來作出，從而促進判決的產生。行政機關也要求嚴格執行實體法和程序法，但行政程序比司法程序簡單得多。
(5)普遍性。司法的過程就是運用法律解決個案糾紛和運用法律處理個案的過程。司法結案意味著個別事件具有普遍性，普遍性可以在個別事件中實現。行政管理的對象要復雜得多，具有更多的特殊性。
(6)終極。法律適用是解決糾紛和沖突的最後壹個環節，法律適用的結果是最終的決定。與其他糾紛解決方式相比，司法已經成為現代社會解決糾紛最重要的手段。行政處罰往往不是終極的，當事人可以提起行政訴訟。