辣椒主根不發達，根數少。大部分根群分布在10-15 cm的表層土壤中，其根系既不耐旱也不耐澇。根系再生能力弱於番茄和茄子，對厚肥不耐受。由於秋季氣溫較高，追肥不宜過高。
高溫幹旱誘發病毒性疾病的發生和傳播，高溫陰雨天往往導致病毒性疾病。
辣椒的開花、落果、落葉(俗稱“三落”)也容易在秋季發生，是辣椒生產中的重要問題，對產量影響很大。“三落”的原因比較復雜。開花主要是因為高溫影響授粉，或者土壤和空氣幹旱，這也是開花的原因；落果主要是氮肥過量或不足、枝葉過多、光照不足等因素影響營養生長與生殖生長平衡所致；落葉在四川發生較少，壹般由病毒病引起。
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五月大棚辣椒種植技術
壹.後期管理
辣椒生長期長，多次采收。在施足基肥的基礎上，還要進行多次追肥。只要能賣，辣椒就要趁早收割。當辣椒剛剛長出來，還沒有膨大的時候，就可以采收上市了。這樣可以減少果實對養分的消耗，提高後續花(果)的正常發育，增加產量。在果實累累的季節，應該供應充足的水。在炎熱的夏季，灌溉應在夜間進行，並采取降溫措施保護幼苗。雨季要及時做好排水，防止內澇。
二、後期病蟲害主要是蚜蟲、瓜蠅、粉虱、枯萎病。
蚜蟲:每畝用新鮮人尿25公斤和水25公斤，加0.2%中性洗衣粉，晴天上午10噴灑，防治效果可達95%。或者使用噠蟎靈、益肌凈、阿維菌素等殺蟲劑。
瓜蠅:50%敵敵畏乳油1000倍，2.5%溴氰菊酯3000倍。
粉虱:25%毒死蜱EC、2.5%天王星EC、2.5%功夫EC等。
枯萎病:用25%苯萊特或50%多菌靈粉劑灌根。如果發現病株，應立即拔除並焚燒。
防治藥劑:噴灑百菌清、益可、波爾多液、農利靈、安可、頭孢菌素、磷酸乙酯、抗病毒礬或金磊多菌靈，除去病葉並帶走銷毀。
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溫室辣椒春季落花落果是很常見的，主要是以下原因造成的:
1.營養不良:由於栽培管理不當，如栽培密度過高或施氮肥過多，植株白白生長，使營養生長和生殖生長失去平衡，辣椒花和果實因營養不足而脫落。
2.不利的氣候條件:早春時節，溫室經常遇到光照不足、溫度較低的天氣，影響授粉。即使授粉，果實也容易脫落。春末夏初，溫室內常出現35℃以上的高溫，可使辣椒花器官發育不良或柱頭幹燥而無法授粉落花。此外，溫室內通風不良、濕度過大也會造成落花落果現象。
三、病蟲害:辣椒病害主要有病毒病、疫病、炭疽病、葉枯病等。這些病害有時直接侵染果實引起落果，有時侵染葉片引起葉片大量脫落，造成養分供應不足而落果。害蟲主要有煙夜蛾、棉鈴蟲、甜菜夜蛾等。這些害蟲吃了水果後還會導致水果脫落。
落花落果的防治要從加強栽培管理入手。主要措施是培育壯苗、適時播種和科學施肥。施肥時註意氮、磷、鉀的合理搭配，前期減少氮肥用量，控制植株徒然生長，早春註意增光保溫，春末夏初增加通風，使棚內溫度白天保持在20℃ ~ 30℃，夜間保持在15℃左右。種植後宜加強通風除濕，提倡膜下地下灌溉，禁止漫灌。棚內濕度應保持在70% ~ 80%。此外，可在花柄上施用40 ~ 50 ppm的番茄精或20 ~ 30 ppm的2，4-d，以提高座果率。
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補充:根據栽培實踐，采用藥劑浸種、變溫催芽、分苗入踵的育苗技術，可使辣椒提前上市20天左右，每667m2增產150kg以上，提高經濟效益30%。
第壹，用化學藥品浸種。為了防治常見多發的辣椒炭疽病、細菌性斑點病和病毒病，將種子用清水預浸5小時，然後分別用1%硫酸銅溶液、10%磷酸三鈉溶液和2%氫氧化鈉溶液浸泡10分鐘，取出後用清水沖洗，促進發芽。
第二，改變溫度加速發芽。用濕布包裹浸泡過的種子，在溫暖的地方加速發芽。28~30℃控制18小時，每天6小時控制16~20℃。每天定時翻面搓兩次，使其受熱濕潤均勻，發芽均勻有力。壹般在4~7天後發芽達到80%以上時，可降溫至65438±00℃約7小時即可播種。
第三，把幼苗分成跟進去。當幼苗長到4-5片真葉時，行和穴為10 cm見方，每個穴中的兩株移栽到相鄰的拱棚中進行試管培養。當10~20片真葉，苗齡90~110天時，晴天即可移栽大田。其他管理方法同常規。