因為內部審計是對財務收支、財務收支、經濟活動的真實性、合法性和效益性進行監督和評價，目的是加強組織經濟管理，實現經濟目標。因此，內部審計評價職能的履行是實現組織經濟目標的根本要求，服務於組織經濟目標。然而，內部審計評價職能的發揮和履行，受到內部審計評價內容的復雜性、內部審計評價方法、手段和方法、被審計單位對內部審計評價信息的需求以及內部審計評價信息的客觀性、科學性和相關性的影響。因此，內部審計評價流程復雜，具體操作復雜。不是對被審計單位的簡單評價，而是壹定的技術方法。對被審計單位的總體分析、判斷和評價，反映組織在管理、決策、運行和效率等方面存在的問題，揭示其未來發展趨勢，從而更好地發揮內部審計評價的作用，創造組織價值。
定量方法
1.總量分析評價:是從整體上對被審計單位或項目的財政收支、財務收支和經濟活動的真實性、合法性和效益性進行分析、判斷和評價的方法。通過對有關賬戶的金額、會計憑證的填制、會計賬簿的登記和財務報表的編制分析，分析判斷本機構的會計處理是否符合會計準則和會計制度的有關規定，是否符合國家有關財經法規的規定，資產構成比例和總額的變動情況， 被審計單位的負債和利潤，被審計單位成本費用範圍的合理性，資金使用的效率。 對組織的盈利能力和營運能力進行綜合分析和評價，從而對被審計單位或項目的財務收支、真實性、合法性和效益性做出總體分析和判斷，形成審計報告意見，以滿足組織管理層的決策需要，充分發揮內部審計評價的功能。
2.差異分析評價:根據實際值與目標值(設定值)的差異變化，分析判斷被審計單位財務收支、財務收支和經濟活動的真實性、合法性和效益性，並發表審計意見的壹種方法。通過比較會計信息(資產、負債、成本、收入、費用、利潤等。)實際提供的被審計單位或項目與原來設定的目標值，兩者之間存在差異(正差異、負差異)。通過分析判斷差異，可以反映被審計單位或項目財務收支的真實性、財務狀況的變化、盈利能力和經營能力。以評估被審計單位或項目的財務收支活動和經濟活動是否達到經濟、效率和效果，從而對被審計單位或項目作出恰當的分析和判斷，以加強經濟管理，實現經濟目標。
3.比率分析與評價:壹種方法，用於比較某壹組織同期財務報表中若幹相互關聯的項目，計算比率，通過比率的變化，分析、判斷和評價被審計單位或項目的財務收支、財務收支和經濟活動的真實性、合法性和效益性，以反映該組織的財務狀況和財務成果，揭示該組織未來的發展趨勢。比率分析有三種方式:結構比率分析、效率比率分析和相關比率分析。其中，結構比率分析是指壹個經濟指標的構成項目占壹個組織總項目的比率，通過這壹比率的變化，反映該組織財務狀況的變化趨勢和存在的問題。比如流動資產占總資產的比例；流動負債與總負債的比率等等。效率比率分析是指壹個組織的壹項經濟活動的投入與產出的比率。通過這壹比率的變化，分析壹個組織某項經濟事件的盈利能力和經濟效益。如成本利潤率、銷售利潤率等。相關比率分析是指壹個組織的兩個或兩個以上相關經濟事項的比率。通過這壹比率的變化，可以反映各種經濟活動之間的關系，分析組織的財務狀況和未來發展前景，如流動比率、速動比率等。
4.趨勢分析與評價:是指組織對兩個時期或連續幾個時期的相同經濟指標進行比較，計算百分比，通過百分比的變化來分析、判斷和評價被審計單位或項目財務狀況的變化和經濟活動的有效性的壹種方法。指出其存在的問題，對組織的經營業績、盈利能力和未來發展趨勢做出客觀公正的評價，以促進組織加強經濟管理，實現經濟目標。如:比較財務報表法、比較財務比率法。
5.相關性分析與建模:相關性分析是指組織的壹個變量與另壹個變量之間的關系，可以是正的，也可以是負的。建立回歸模型是指當組織中壹個變量的變化引起另壹個變量或幾個變量的變化時，可以通過建立y=a+bx(a為常數項，B為回歸系數)等回歸模型方程來分析、判斷和評價變量間的變化，通過建立回歸模型來量化組織變量間的相關性分析，將回歸模型的估計值與實際值進行比較進行分析判斷。內部審計人員通過運用相關分析，建立回歸模型，檢查、分析和判斷組織經濟活動中相關變量之間的相關程度和數據的合理性、真實性，指出組織生產、經營、管理、決策和效益中存在的問題，從而更好地加強組織的經營管理，提高經濟效益，實現經濟目標。
定性方法
1.經驗判斷法:是指內部審計人員根據自己的工作經驗和相關專業知識水平，對被審計單位財務收支、財務收支和經濟活動的真實性、合法性和效益性進行分析和判斷的壹種方法。顯然，這種方法受內部審計人員的專業知識水平、工作經驗、主觀意識等因素的影響，所以內部審計評價的結論和意見往往是片面的、主觀的、隨意的、不真實的，不能真實地反映被審計單位或項目的財務收支、財務收支和經濟活動的實際情況。因此，這種方法在實際的內部審計工作中很少使用。
2.詢問法(Inquiry method)是指內部審計人員通過詢問有關財務負責人和當事人，調閱有關帳冊和資料，查閱會議紀要和有關規章制度、文件等，對被審計單位財務收支、財務收支和經濟活動的真實性、合法性和有效性進行分析、判斷和評價的壹種方法。同樣，這種評價方法也不能全面、客觀地反映被審計單位財務收支、財務收支和經濟活動的真實性，存在壹定的局限性。
內部審計評價與相關技術方法的關系；
(壹)內部審計評價與財務(報表)分析的關系
內部審計評價與財務報表分析有著內在的聯系。財務報表的分析包括三個方面:資產負債表分析、利潤表分析和現金流量表分析。通過分析財務報表，可以反映組織的償債能力、營運能力和盈利能力，揭示組織未來的發展趨勢。內部審計評價結論的真實與否，直接影響財務報表分析結果的有用性和客觀性。同樣，對財務報表分析所提供的財務指標變化的研究，將有助於內部審計人員分析、判斷和掌握組織財務狀況的變化，揭示未來的發展趨勢，更好地改進內部審計評價。
(二)內部審計評價與績效(業績)評價的關系
內部審計評價與績效評價之間存在壹定的聯系。內部審計評價的內容真實、合法、有益。內部審計對有效性的評價與管理部門的績效評價有壹定的關系，但不能代替組織管理部門的績效評價。兩者在評價程序、標準和目標上存在差異。內部審計人員或機構可以為管理層提供利益相關信息，滿足管理部門績效評價的相關需求，幫助管理部門進行績效評價，保證管理部門績效評價結果的客觀性。
(三)內部審計評價與綜合(全面)評價的關系
內部審計評價和全面(綜合)評價具有內在的壹致性。隨著內部審計範圍的擴大，內部審計的內容也從單壹的財務審計領域向內部控制審計、質量審計、績效審計、經濟責任審計、風險管理審計等領域轉變。內部審計評價已經滲透到組織生產、經營、管理、決策和服務等諸多方面，內部審計評價提供的信息全面，能夠滿足相關方的信息需求。管理部門通過分析內部審計評價信息，指出組織生產經營管理中存在的問題，提出改進意見和建議，促進經營管理的加強和經濟目標的實現。