磷通常以低濃度磷酸鹽的形式存在於廢水中，包括有機磷酸鹽、無機磷酸鹽(主要是正磷酸鹽)和聚磷酸鹽，其中正磷酸鹽和聚磷酸鹽是主要的存在形式。當然，不同來源的廢水有不同形式的磷含量。因為廢水中的磷大多以正磷酸鹽和聚磷酸鹽的形式存在。因此生化處理難度大，傳統的混凝沈澱處理工藝的出水水質遠遠達不到國家排放標準的要求。
含磷廢水的處理方法
1，化學方法
化學除磷的原理是在含磷廢水中加入化學試劑，試劑與廢水中的磷酸根離子反應生成不溶性的磷酸鹽沈澱，通過過濾除去沈澱，從而達到除磷的目的。化學試劑主要是二價或三價金屬離子。蘭和曾報道，用鈣鹽對含磷廢水的去除率可達90.0%以上。謝等人研究了不同形式的鐵鹽。通過實驗研究發現，聚合膠凝鐵的除磷效果不如離子鐵。張萌采用強化鐵鹽除磷工藝處理高濃度含磷廢水。進水磷濃度為93.30mg/L，去除率達到97.02%。
鋁鹽與磷酸根離子反應形成磷酸鋁沈澱，凈化水中的磷可以通過吸附去除。孫等人對氯化鋁除磷進行了探索，結果表明三價鋁離子與磷酸根離子為等摩爾反應，因此藥劑投加量與原水TP濃度有關，pH為6.0時去除效率最高。
向含磷廢水中加入銨鹽和鎂鹽是目前國內常用的處理方法。銨鹽和鎂鹽與廢水中的磷酸鹽反應生成不溶性復鹽磷酸銨鎂，又稱鳥糞石。張雨生等人用鳥糞石法研究了磷的回收。實驗研究表明，當pH值控制在9.3，氮磷摩爾比控制在4.0，鎂磷摩爾比控制在1.1時，除磷效果最好。周莊鎮地埋式汙水處理廠采用化學除磷工藝，當出水總磷含量小於1 mg/L時，處理成本為0.645元/m3。
2.生物學方法
生物除磷主要是由壹群叫做聚磷菌的微生物來完成的。由於聚磷菌能夠在厭氧條件下同化發酵產物，聚磷菌在生物除磷系統中具有競爭優勢。在厭氧狀態下(不存在溶解氧和硝態氮)，兼性細菌將溶解的有機物轉化為揮發性脂肪酸；聚磷菌將細胞內的內聚磷水解成正磷酸鹽，從中獲取能量，吸收汙水中易降解的COD，同化為細胞內的碳儲能，如聚β-羥基丁酸或β-羥基戊酸。在好氧或缺氧條件下，聚磷菌利用分子氧或化合氧作為電子受體，氧化代謝PHB或PHV等。，並產生能量，吸收汙水中多余的磷酸鹽。能量以高能ATP的形式儲存，壹部分轉化為多磷酸鹽，作為能量儲存在細胞內。通過剩余汙泥的排放達到高效生物除磷的目的。
主要的生物除磷工藝有Phostrip側流生物除磷工藝、厭氧-好氧(AO)生物除磷工藝、厭氧-缺氧-好氧(AAO)生物脫氮除磷工藝、氧化溝工藝、序批式反應器(SBR)工藝、反硝化除磷工藝等。陳紅波試驗表明，當進水磷濃度為2～10mg/L時，SBR單級好氧生物除磷工藝的去除率保持在90%以上。王然鄧等人對強化生物除磷系統的研究(EBPR)發現，除了聚磷菌(PAOs)，細菌胞外聚合物(EPS)也有壹定的除磷效果。
生物法的優點是:
(1)成本低，微生物通過自身代謝進行更新；
(2)產泥量少。生物除磷是根據聚磷菌的生理需要，從水中攝取可溶性磷酸鹽，在體內合成聚磷酸鹽，慢慢積累成高磷汙泥；
(3)除磷範圍廣。在生化除磷中，正磷酸鹽可以直接利用，其他磷可以轉化為正磷酸鹽。但微生物對周圍生活環境要求嚴格，對水質變化敏感。
日本滋賀縣湘中凈化中心先後采用厭氧-好氧(AO)、厭氧-缺氧-好氧(AAO)生物脫氮除磷工藝和分段進水多級缺氧-好氧/反硝化(SMAO)三種深度處理工藝，均取得了良好的處理效果。
3.吸附法
吸附除磷的原理是壹些多孔的或比表面積大的固體物質對水中的磷酸根離子有吸附親和力，廢水中的磷是靠吸附親和力去除的。
磷吸附劑的選擇需要以下條件:
(1)高吸附容量；
(2)高選擇性；
(3)吸附速度快；
(4)抗其他離子幹擾能力強；
(5)沒有有害物質溶出；
(6)吸附劑再生容易，性能穩定；
(7)原料易得，成本低。