辦公室（財務司）
1、綜合協調局機關日常政務，制定局機關工作制度；2、負責會議組織、領導批示和重要政務工作的督辦、秘書事務、文電處理、檔案管理、機要、保密、信訪、值班、保衛等工作；3、負責組織協調人大代表建議、政協委員提案的辦理工作；4、研究擬定中醫藥事業中長期發展規劃，規劃與協調中醫資源配置；5、編制部門預算；組織擬定中醫機構建設、裝備標準；6、負責局機關、直屬單位財務和國有資產的管理和監督；7、負責新聞宣傳、報刊管理工作；8、組織協調機關電子政務和信息統計工作；9、組織協調扶貧、援藏工作。
人事教育司
1、研究、實施中醫藥人才興業戰略；2、研究制訂中醫人力資源發展規劃，加強人才資源能力建設，優化人才資源配置；3、負責局機關和直屬單位的人事、工資、機構編制的管理工作；4、擬訂、完善並組織實施中醫藥行業專業技術人員技術職務評定標準；5、指導中醫醫療機構的人事分配制度改革；6、負責組織機關、直屬單位的幹部教育、培訓，指導協調全國中醫藥管理幹部培訓工作；7、 聯系有關中醫藥社會團體。8、 組織擬訂和實施中醫藥繼續教育、師承教育的發展規劃，建立完善中醫藥人員終身教育制度；9、管理、指導中醫藥專家學術經驗和技術專長繼承工作；10、會同國務院教育行政部門，制定中醫藥教育機構的設置標準及相關專業標準；11、制定中醫藥教育機構臨床教學基地標準；12、配合國務院教育行政部門，研究制定中醫藥高等教育發展規劃，指導中醫藥教育教學改革。13、管理局離退休幹部辦公室的工作。
政策法規與監督司
1、根據國家衛生、藥品的有關政策和法律法規，組織研究提出中醫藥發展戰略和方針、政策；2、組織中醫藥重大理論和實際問題的調查研究；3、研究提出中醫藥參與公***衛生體系建設的相關政策、措施；4、組織研究中醫醫療機構體制改革和管理制度改革；5、研究起草有關中醫藥的法律、法規、規章、草案；6、組織制定規範性文件；
7、組織協調中醫藥法制化、標準化建設工作；8、負責行政復議、應訴工作。
9、 綜合管理中醫藥監督工作並依法組織實施；10、負責擬訂中醫藥監督工作規範、程序和有關規章制度；11、對各類中醫、中西醫結合、民族醫醫療機構的執業行為進行監督；12、 監督檢查醫療、保健、護理等人員的執業資格標準；13、監督檢查《中華人民***和國中醫藥條例》等衛生法律法規的執行情況；14、指導並監督中醫醫療廣告的審查工作；15、監督管理醫學氣功活動和按照中醫理論研制的藥膳；16、配合有關部門，組織協調、辦理相關案件的查處工作，並進行相關的執法檢查。
醫政司
1、參與組織協調突發公***衛生事件的應急處理；2、指導和組織實施農村、社區中醫藥工作，協調組織對農村中醫藥的支援工作；3、負責基層中醫藥適宜技術推廣工作；4、組織實施中醫藥及中西醫結合預防、治療重大疾病工作；5、組織擬訂和實施有關中醫醫療服務的管理規定、服務規範；6、完善和實施中醫醫療機構、執業人員的準入標準；7、組織擬訂中醫醫療技術標準和技術操作規範；8、管理各類中醫、中西醫結合、民族醫醫療機構，對其他醫療機構中的中醫業務進行指導9、研究、規範中醫醫療機構中的藥事管理工作；
科技司
國家中醫藥管理局
1、擬訂中醫藥科學技術發展規劃；
2、指導中醫藥科研機構的改革工作；3、組織、參與中醫藥重大科研目的實施工作；4、參與指導與協調重點中醫藥科研機構的建設；5、負責中醫藥技術成果的推廣、應用工作；6、負責組織中醫藥新技術評價；7、指導中醫藥行業知識產權保護；8、負責中醫藥文獻、秘方、驗方的捐獻工作；9、 組織和指導中醫藥的學術交流工作；10、參與相關科技合作項目的組織工作；11、負責基層中醫藥適宜技術篩選工作；12、組織、指導中西醫結合和民族醫藥的科研工作。
國際合作司
1、推進中醫藥的國際傳播。2、研究國際中醫藥發展現狀，提出政策建議；3、組織和指導中醫藥對外雙邊、多邊及民間交流與合作；4、指導內地與香港、澳門特別行政區和臺灣地區的中醫藥交流與合作；5、 配合有關部門實施國際中醫藥經濟、技術合作；6、 組織協調與世界衛生組織、世界貿易組織等國際組織在傳統醫藥領域的交流合作；7、承辦局機關的外事工作。8、 指導各民族醫醫療醫藥工作，組織擬訂並逐步完善相應的規範和標準。
直屬機關黨委
1、負責局機關和直屬單位的黨群工作2、組織黨的宣傳、組織、統戰、維護穩定、精神文明建設工作和黨員的教育、管理、黨校培訓工作；3、導工會、 ***青團、婦女組織的工作；4、與幹部管理；5、辦局機關黨委、紀委、審計室的有關日常工作。 1、中國中醫科學院
2、中國中醫藥報
3、中國中醫藥出版社
4、中華中醫藥學會
5、國家中醫藥管理局對臺港澳中醫藥交流合作中心
6、中國中醫藥科技開發交流中心
7、中國傳統醫藥國際交流中心
8、機關服務中心
9、國家中醫藥管理局中醫師資格認證中心