明朝萬歷年間，統壹日本的豐臣秀吉出兵侵略琉球，索要金錢、糧食和財物。清朝入主中原後不久，琉球擺脫日本控制，主動向清朝派遣使節，請求清朝封爵。順治皇帝欣然同意，並派遣使節前往琉球，冊封琉球王。
琉球雖然成為了清朝的附庸國，但並沒有阻止日本對它的覬覦。由於地理位置的原因，公元17世紀，日本的薩摩亞人多次入侵琉球，派駐官員，征收地租，並宣稱琉球是其保護國。由於日本的武力威脅，琉球國王不得不向薩摩亞人納貢。
但當時薩摩亞人不敢刺激清朝，所以每當清朝的使節來琉球，日本官員都躲起來了。清朝對此不予理會，只求冊封大典圓滿結束，維持正常的宗藩關系。所以就出現了琉球同時隸屬於清朝和日本的薩摩亞群島的復雜局面，就像壹個“三角關系”。
二是明治維新後，日本在中國進行了大規模的改革，初步建立了資本主義制度，國力迅速提升，積極計劃擴軍備戰。位於其西南的琉球王國成為其首要目標，卻始終找不到合適的借口。
然而，壹個意外的事件讓日本看到了下手的機會。1871年，壹艘滿載琉球宮古島島民的船因為風暴漂流到臺灣省島的東南方向，最終54人被島上的原住民殺害，12人逃回琉球。這就是“琉球漂流人事件”。
琉球的地理位置
這件事與日本無關，日本卻以為可以借此大做文章。1872年，日本天皇授予琉球國王稱號，列為中國人，以示琉球是他的日本人。1873年，日本使臣中島派遣使節到清朝詢問此事。毛雲熙、董耀等清官對此表示不理解，認為這是日本在找麻煩。“夫兩島屬土，屬土之人自相殘殺，裁決歸我。我同情琉球人民，我有自己的處理方式。為什麽要費心去問關於妳的國家的問題？”
但島副大臣辯稱，琉球是日本的藩屬國，清朝應該懲罰殺害琉球人(原住民)的人。毛昌熙和董耀以兇手對王華是陌生人為借口推卸責任，說:“陌生人是外國人，有罪與否由妳們國家來問。”
日本入侵臺灣省
這壹表態給了日本出兵臺灣省的借口。1874年5月，日本派3000多人入侵臺灣省島。由於清朝的壓力和瘟疫的爆發，日軍躊躇不前，打算撤退。日本為了挽回面子，想通過外交手段解決此事。清朝不希望事態繼續擴大，於是與日本展開談判。
1874 10，中日簽署北京專文。根據條約，日軍撤出臺灣省，清政府賠償軍費50萬兩白銀。雖然清朝阻止了日本侵略臺灣省的野心，但是清政府犯了壹個嚴重的錯誤。清政府在條約中寫明“臺灣省濫殺日本國民及他人”，“日本目前的行動本來就是保護人民的正義之舉”。
外交語言的使用非常謹慎。清朝在條約中寫明日本此舉是為了保護人民，這也變相承認了琉球是日本的附屬國，為日本奪取琉球提供了借口。
3.日本占領並妥協清朝後，日本決定立即結束琉球從屬於中日的特殊地位。1875年5月，日本命令琉球王國王尚泰前往東京，要求琉球結束對清朝的朝貢和藩屬關系。在日本的壓力下，上泰更改日本年號，執行日本法律，派遣留學生赴日。
但上泰堅持不去東京，與清朝斷交。為了尋求清朝的幫助，商臺於1877年向清朝派遣使節，聲明日本強行阻止琉球向清朝進貢，但沒有透露琉球已改為日本年號。清政府得知此事後，認為日本不可理喻，作為宗主國應該為琉球出頭。但鑒於此時海軍力量薄弱，無法進行遠洋作戰，清政府確定了“外交手段為主，絕不訴諸武力”的方針。
1877年，何首任駐日大使抵達東京。他的首要任務是與日本交涉，阻止琉球向清朝進貢。他張茹的態度非常強硬。他拿出古代的記錄，證明琉球從明初就是中國的藩屬國，壹直維持至今。他還指責日本作為壹個大國，為什麽要做出“這種不信、不義、無情的事”。
李鴻章
然而，日本壹直回避這壹重要性，總是問何為什麽要如此大驚小怪，避而不談琉球的歸屬問題。經過多次談判未果，何張茹向李鴻章提出解決琉球問題的“三策”:上策是直接派軍艦到琉球，保護琉球的朝貢；為了繼續說清楚，中策整理了琉球幾百年的朝貢記錄，讓琉球也參與談判，對日本形成夾擊；最好的辦法是援引國際法或尋求外國幹預。
何提出動武，是因為在談判期間，日本國內因西南戰爭的爆發，局勢動蕩混亂，清朝並非沒有機會。但李鴻章認為此時海軍很弱，沒有動武的能力，於是力勸動用下策，尋求外國幹預。
看到清政府的妥協和優柔寡斷，日本於1879年3月派出大量軍警強占琉球，並放棄琉球為沖繩縣。即將卸任的美國總統格蘭特訪問北京時，李鴻章得知他也將訪問日本，於是請他斡旋中日之間的琉球問題。
授予
格蘭特7月抵達東京，先後會見伊藤博文等日本高官，斡旋琉球問題。但日方要麽沈默，要麽在外交措辭上說清朝對日本很不講理。格蘭特看出日本決心拿下琉球，甚至準備為此而戰。
他寫信給李鴻章，說調解未果，希望雙方各讓壹步，避免事態擴大。同時提醒李鴻章進行改革，做好戰爭準備。李鴻章感謝格蘭特的斡旋，但也對琉球問題感到無奈。
四、琉球問題“不了了之”正當中日為爭奪琉球，清朝與俄國在伊犁的矛盾愈發尖銳，雙方都積極調兵遣將，戰爭壹觸即發。日本抓住這個機會，決定清朝在琉球問題上不動武，而是進壹步妥協，於是提出“分島改約”案，要求片面最惠國待遇。
由於此時清朝的重心在西北地區，為了防止日本勾結俄國，在琉球問題上與日本妥協，草簽了協議。但1881年，西北問題因為中俄簽訂《伊犁條約》而得到解決，清朝否決了與日本的原協議。
但日本占領琉球已成既定事實，清朝雖強調對琉球的權力，卻苦於海軍實力薄弱。雖然和日本交涉過幾次，但都沒有結果。然後清朝與法國爆發中法戰爭，在朝鮮與日本作戰，琉球問題就被擱置了。
甲午戰爭後，災難深重的清朝簽訂了《馬關條約》，不僅割讓了朝鮮的宗主權，還將臺灣省及其附屬島嶼割讓給日本。從此清朝無心過問琉球，最後不了了之。1901年，琉球最後壹位國王尚泰在日本去世。