更全面地說，檔案整理是檔案實體整理和檔案內容整理的總稱，是檔案管理的重要內容。檔案內容的整理主要包括檔案內容真實性的鑒定、檔案內容客觀性的考證和檔案史料的編纂出版。檔案實體的整理，主要是對需要進壹步整理的零散文件或檔案進行分類、組合、整理、編目，形成有序的檔案整體的壹個工作過程。壹般來說，檔案整理主要是指檔案的實體整理，包括以下三個方面:
(壹)檔案館接收和收集檔案。
1，系統整理和編目
正常工作情況下，檔案館主要接收文書部門和業務部門根據歸檔要求設置的檔案，檔案館主要接收辦公室檔案館根據入館要求移交的檔案。這樣，檔案室和檔案室的歸檔工作主要是在更大的範圍內對接收的檔案進行進壹步的系統整理，如全宗和檔案的整理，檔案目錄的加工等等。
2.局部調整
對已整理入庫並留在室內的檔案，經管理實踐檢驗或專項質量檢查後，檔案館、檔案室需對不符合要求的檔案進行處理，以提高其質量；另壹方面，有些檔案材料因為保存時間的原因發生了變化，必須進行整理。
3、整理的全過程
檔案館、檔案室有時會接收和收集壹些零散的檔案，這就需要對檔案進行整理的全過程，包括對所有案件的檔案進行分類、分組、立卷、編號、編檔目錄和系統排出。[2]
檔案整理的意義；
它是檔案利用、開放和發揮作用的前提，也是整個檔案工作中的壹項重要的基本建設。它是檔案信息資源開發的重要基礎。提高檔案整理的科學性和規範性，對檔案管理的整體優化具有直接而廣泛的影響。[3]
文件整理的基本要求:
遵循文件材料的形成規律和特點，保持文件材料之間的有機聯系；區分文件材料的價值，確定檔案的保管期限；易於保存和使用。[4]
有兩種方法來組織文件:
首先是以“檔案”為單位進行整理。
按“量”整理是壹種傳統方法，壹般可分為以下幾個步驟:
(1)分類。分類方法很多，常用的有年度分類和問題分類。年度分類是根據文檔內容所針對的時間來分離屬於不同年份的文檔。問題分類就是將文件按照其主要內容進行分類。在企業檔案工作中，文件檔案工作可分為四類:黨群工作、行政管理工作、業務管理工作和生產技術管理工作。認為以年問題分類法對文件檔案進行分類更符合實際需要。
(2)組卷(即檔案)。它是檔案整理的最基本環節，其實質是將壹組密切相關的文件材料組合起來，便於保管和利用。文件處理部門通過平時的歸檔，將完成的文件歸入相關文件夾，為年終歸檔工作打下良好的基礎。在確定壹組檔案能否形成壹個卷之前，必須對歸檔的檔案進行最後的綜合調整，然後進行具體的系統整理和組合。歸檔文件檢察調整的內容包括:待歸檔文件是否收集完整；歸檔文件是否屬於本年度、本部門的歸檔範圍；各卷內的卷宗是否保持卷宗之間的有機聯系，體現歸檔的特點；檢查各卷內文件的保存價值是否基本壹致，確定保存期限；檢查每個卷中的文件數量是否合適；
(3)卷內文件材料的排列(按文件形成時間或重要程序排列)；
(5)編制卷內目錄(樣式附後)和參考表；
(6)按照卷內內容、文件、參考表格的順序，逐壹裝訂成冊或放入檔案盒；
(7)書寫案卷標題，填寫案卷封面。文件標題是文件的標題，是文件的名稱，是卷內文件材料的高度概括。擬撰寫的文件標題內容要概括準確，用詞要簡潔流暢，標題字數壹般不超過50字。標題結構壹般由三部分組成:主發布機關、內容和語言。
(8)文件的排列和編號。檔案的排列應保持檔案之間的有機聯系和組織。壹般可按永久、長期、短期排列，然後按排列順序每年編壹個序號；
(9)準備文件目錄。檔案目錄由歸檔號、檔案號、標題、年份、頁數、保管期限、備註等組成。文件目錄可以編制成壹年或多年的。