商業運輸是指以各種方式為社會服務的旅客運輸和貨物運輸。
非營業運輸是指為單位或自身服務，不以各種方式發生的運輸。第四條自治區交通廳是全區水路運輸的主管部門，行署、市、縣交通(工交)局(處)是地方水路管理部門，各級運輸管理站是水路運輸的監督檢查機構。第五條水路運輸應當在國家計劃指導下，實行多元化經營，保護公平競爭，制止非法經營。第二章開業管理第六條申請從事水路運輸的單位和個人，必須具備下列條件:
(壹)有與其經營範圍相適應的運輸船舶，並持有船檢部門簽發的船舶檢驗證書，駕駛員和輪機員應持有船檢部門簽發的有效職務證書；
(二)在規定的業務範圍內有相對穩定的客戶和貨源；
(三)從事客運的，應當申報沿線停靠站點，安排落實船舶停靠和旅客上下船所必需的安全服務設施，並取得行署、市縣交通(運輸)局(處)的書面證明；
(四)有與運輸業務相適應的自有流動資金；
(5)運輸船舶必須有船舶保險證書。第七條申請從事營業性水路運輸的單位和個人，必須履行下列審批程序:
(壹)申請從事營業性水路運輸的單位必須持有主管部門的證明，申請從事營業性水路運輸的個人必須持有所在地鄉(鎮)以上人民政府的證明，當地、市、縣交通(工交)局應在接到申請的次日起40日內，對經審查符合條件的，發給水路運輸許可證，對不予批準的，給予明確答復；
(二)取得水路運輸許可證的單位和個人，應持證件分別向當地工商行政管理部門和稅務部門申請登記證書，領取營業執照和稅務登記證；
(三)持工商、稅務證件到原頒發水路運輸許可證的機關，領取單船營業運輸證。第八條市、縣交通(工交)局根據經營管理水平、運輸能力、客貨供應、社會運力和動態平衡等情況，審批獲準從事營業性水路運輸的單位和個人的經營範圍。第九條從事營業性水路運輸的單位和個人，需要增加運力或者變更經營範圍的，應當向原審批機關提出新增運力和變更水路運輸經營範圍的申請。原審批機關接到申請後，經審核同意，更換船舶營業運輸證。申請單位和個人憑新換發的《船舶營業運輸證》到當地工商行政管理部門辦理變更登記。需要變更其他主要登記事項的，應當按照《中華人民共和國企業法人登記管理條例》的規定辦理。第十條水路運輸單位和個人如需停業，應向原審批機關和工商行政管理、稅務機關辦理註銷手續。需要遷移時，原戶主應辦理停業手續，新戶主應重新辦理審批和登記手續。第三章經營管理第十壹條從事水路運輸的單位和個人，必須遵守《寧夏回族自治區水上交通安全管理辦法》等有關規定。第十二條從事營業性客運的單位和個人，必須使用符合客船規範的船舶，並按照核定的噸位(定額)、航線、停靠站和停靠點從事運輸。未經批準，不準隨意設置渡口。嚴禁超載和冒險航行。第十三條從事營業性水路運輸的單位和個人，必須統壹使用加蓋稅務機關發票監制章的水路運輸發票和加蓋水路運輸票證專用章的過渡票證。
水路運輸發票和過境票由行署和市交通(工交)局(處)按照自治區交通廳制定的格式統壹印制，由縣(市)交通局和交通管理站統壹管理和發放。
未經自治區交通廳和自治區稅務局批準，任何單位和個人不得自行印制或使用其他票據。第十四條取得營業執照從事水路運輸的單位和個人，其合法權益受國家法律保護。任何單位和個人不得多收或攤派費用。第十五條從事營業性水路運輸的單位和個人，必須按照交通部門和物價部門制定的運價和費率收取運雜費。
乘客、車輛、貨物等的過境運費率。由市、縣交通(工交)局會同當地物價部門制定；水路客貨長途運價和裝卸費由自治區交通廳會同自治區物價局制定。