(1)巴氏殺菌
在60 ~ 66℃的溫度下，可以殺死大部分營養細菌，如雙孢蘑菇培養料的後發酵過程，可以殺死雜菌和對蘑菇有害的害蟲。
(2)沸水消毒
主要用於金屬器具、註射器等的消毒。沸水煮20 ~ 30分鐘可殺死微生物的營養體，而殺死細胞孢子需要1 ~ 2小時。如果在水中加入少許2% ~ 5%的碳酸溶液，可大大縮短消毒時間；加入1%碳酸氫鈉，可提高水的沸點，加速孢子死亡，防止金屬器具因烹飪而生銹。
(3)幹燥和消毒
幹燥物質使微生物脫水，從而達到殺菌或抑菌的目的。微生物細胞中含有70% ~ 90%的水分，微生物失水後會趨於死亡。人們經常利用這壹特性來長時間保存食物(如幹蘑菇和真菌)和藥物。
(4)滲透壓消毒
利用高滲透壓或低滲透壓來殺菌或抑制細菌，稱為滲透壓消毒。壹般鹽溶液的濃度在20%左右，糖溶液的濃度在50% ~ 70%。
(5)化學消毒
這是壹種通過使用化學試劑來殺菌或抑菌的方法。以下是壹些主要類型的消毒劑:
石灰:有生石灰和熟石灰。其機理是能水解蛋白質和核酸，破壞酶系統，分解細菌中的糖分。1% ~ 3%石灰水能起到很強的殺菌作用。在蘑菇房及其周圍環境中，應使用生石灰進行消毒，因為熟石灰在長時間暴露於空氣中後，可以吸收空氣中的二氧化碳，形成碳酸鈣而不需要滅菌。
石硫混合物:與石灰混合的波爾多混合物，常用於蘑菇房和床架的消毒。波爾多液是100 ~ 200倍硫酸銅和石灰的配方，即1公斤硫酸銅、1公斤石灰和100 ~ 200升水。配制時，先將硫酸銅和石灰分別溶於水中，同時倒入另壹個木桶或大桶中，邊倒邊攪拌，即波爾多液整天呈藍色。配制時應使用木桶或陶瓷容器，不宜長時間存放。使用時，用噴霧器噴灑。
煤酚皂液(C6H4CH3OH):是壹種表面活性劑消毒劑，又稱來蘇兒，是壹種含50%煤酚的皂液。其殺菌機理與石炭酸相同，殺菌效果是苯酚的4倍，對皮膚的刺激性小於碳酸，常用濃度為2% ~ 4%。用於皮膚、接種室(箱)、培養室臺面、地板、工具的消毒，常安排在熏蒸後、接種前使用。煤酚皂液除了強大的殺菌作用外，還具有沈降灰塵、細菌、中和甲醛氣體的功能，讓空間更加幹凈舒適。
乙醇(C2H5OH):又稱酒精。是良好的脫水劑、蛋白質變性劑和脂肪溶劑，70% ~ 75%的乙醇殺菌效果最好。無水酒精和95%酒精的殺菌力很低。原因是高濃度酒精有很強的脫水作用。當它與細菌接觸時，會立即使細菌表面的蛋白質固化，形成壹層保護膜，使酒精分子無法進壹步滲透到細菌細胞內。
甲醛(CH2O):有刺激性氣味，易溶於水，對人的眼睛和鼻子有強烈的刺激作用。甲醛溶液又稱福爾馬林，含有37% ~ 40%的甲醛，具有腐蝕性和刺激性，是壹種強還原劑。其殺菌機理是與微生物蛋白質的氨基結合，使其在蛋白質中凝結變性，達到殺菌的目的。0.1% ~ 0.25%甲醛溶液可在6 ~ 12小時內殺滅細菌、孢子和病毒。使用時間較長、汙染較重的接種室(箱)或培養室，可采用甲醛和高錳酸鉀混合熏蒸徹底消毒。常見的方法有兩種。壹種是將6 ~ 10 ml甲醛溶液與每立方米空間壹半至等量的高錳酸鉀混合進行氧化反應，放出熱量使甲醛沸騰揮發。接種室壹般熏蒸12小時，接種箱熏蒸0.5小時。另壹種方法是將甲醛溶液直接放在小電爐或火盆上加熱蒸發。這種方法需要監督，但效果很好。由於甲醛揮發過程中的水分也被加熱蒸發，提高了空間內的濕度，增強了消毒殺菌效果。消毒後，接種室應在12小時後加熱蒸發等量氨水或噴灑3%煤酚皂溶液中和，再等待6 ~ 10小時後方可進入操作。
5%甲醛溶液也常用於農作物種子的防腐和表面消毒；用於器械消毒，浸泡1 ~ 2小時。
高錳酸鉀:紫色針狀晶體，是常用的強氧化劑。1000倍稀釋至1250倍的高錳酸鉀溶液具有殺菌作用，0.5% ~ 1%高錳酸鉀水溶液可在5分鐘內殺滅大部分細菌；5%水溶液可在1小時內殺死細菌孢子，但對黴菌的殺傷力較弱；0.1%高錳酸鉀水溶液常用於皮膚和玻璃器皿的消毒，但要隨配隨配。由於高錳酸鉀能與培養料中的有機物反應，不經滅菌就被還原成二氧化錳，所以不能直接用於混合料的滅菌。
新潔爾滅:是壹種強陽離子表面活性劑殺菌劑，有芳香氣味，極苦，易溶於水。對無芽孢病原體、黴菌等有很強的殺菌作用。，效果是碳酸的10倍。消毒特點:快速、徹底、高效。原液濃度為5%，常用濃度為0.1%，用於皮膚和金屬器械的消毒。註意應該是現在用。對人體無刺激性，對儀器無腐蝕性，是壹種高效無毒的殺菌抑制劑。
硫磺:常用於培養室、蘑菇房的熏蒸消毒，也可用於殺蟲、除蟎。用量為15 ~ 20g/m3。因為熏蒸產生的SO2密度比空氣高，容易下沈。熏蒸時，應註意將裝有硫磺的容器放置在較高的空間。為了提高殺菌效果，熏蒸前在墻壁和空間噴灑少量水，促進更多亞硫酸的產生，提高殺菌效果。
多菌靈:多菌靈是壹種廣譜高效的內吸性氨基甲酸酯類殺菌劑，具有廣譜、高效、有效期長的特點。對人畜低毒，持效期約10天。是食用菌生產中常用的理想殺菌劑。但在使用中，由於菇農缺乏農藥知識，操作不當，導致效果下降。多菌靈的使用方法和註意事項簡述如下:
①市場上的多菌靈多為50%可濕性粉劑和40%膠懸劑，前者較為常用。無論選擇哪種劑型，都要購買質量可靠、信譽好的正規產品，出廠後壹年內使用為好。超過壹年且仍在有效期內的，可酌情增加劑量。
(2)拌料時，應嚴格控制藥液濃度。50%可濕性粉劑的壹般用量為幹物質重量的0.1%。用量過大，不僅增加成本，還會影響菌絲體的生長。
③溶粉時要註意水量充足，攪拌均勻，溶解完全；混料時，將原料和藥物混合均勻。
(4)多菌靈在堿性環境中易分解失效，因此在混合物料時應避免同時使用石灰，也不要將多菌靈和石灰制成混合溶液使用。
⑤多菌靈耐高溫，在發酵和高壓滅菌過程中不受影響。
⑥多菌靈易使雜菌產生抗藥性，應與其他殺菌劑交替使用，以增強殺菌效果。
⑦多菌靈對毛黴和根黴的防治效果較差，用於抑制毛黴和根黴生長時應適當提高培養基的pH值。
⑧銀耳、黑木耳、猴頭菇對多菌靈特別敏感，栽培時應避免。
近年來，隨著各地食用菌產業的快速發展，消毒劑的研究和生產如雨後春筍，有取代這些傳統消毒劑的潛力，如克美王、碧潔士、凈美靈等，這裏就不壹壹介紹了。