近十年來，我國政府對公立醫院的投入主要有兩種方式:壹是財政直接投入，二是政策投入，包括免稅、藥品和醫用材料加價、高於成本定價的檢查(免稅部分在醫療機構幾乎可以忽略不計)。兩種投資方式壹軟壹硬，財政投入相對不足，越來越軟。但政策性投資越來越難，逐漸成為政府投資的主渠道。
2公立醫院行為異化公立醫院的改革是政府設計和推動的，但改革之後，公立醫院的行為與政府改革的初衷漸行漸遠。為了減輕財政負擔，適應國家經濟體制改革的形勢，衛生系統也從上世紀80年代開始進行改革，由政府投資辦醫院逐漸轉變為用政策辦醫院。醫院不僅“吃”政府(財政投入)，還“吃”患者(高額利息收費)。藥品、醫用材料等政策性投入逐漸成為政府投入和醫院補償的主要渠道。面對補償機制的二元性，醫院能否以及在多大程度上享受到政策投入的好處。直接取決於醫院占據的市場份額。
(二)社會醫療保險不公平，效率低下。
20世紀80年代以來，隨著農村經濟和社會體制改革的發展，我國大部分農村原有的合作醫療制度已經崩潰，農民完全成為自費醫療。直到2003年，農村基本沒有醫療保障，90%左右的農民靠自費醫療。城鎮不同人群之間的醫療保險同樣不公平。1998的醫改方案首先排除了大量的鄉鎮企業、城鎮個體戶和自由職業者及其家屬。
另壹方面，以“第三方支付”為特征的城鎮職工醫保制度和新農合制度，缺乏對醫生道德風險的有效控制。醫療服務市場的信息不對稱和專業性、技術性強的特點，決定了供需雙方的不平等地位:醫生是專家，也是權威。
(三)“管辦不分”，“控捕”與政事壹體化。
醫保市場由供給方(醫生)、需求方(患者)和第三方即醫保機構組成，政府是三者之上的監管者。政府對醫療服務提供者(醫院和醫生)、使用者(患者)和醫療保險人的有效監管是醫療保險市場正常運行的必要條件。然而，在中國，政府的監管角色是混亂的。從醫療服務提供方面，政府直接組織了大量的醫療機構，形成了典型的“父子”關系。醫院是政府的行政附屬機構，政府相當於綜合醫院的院長。因為政府的投入主要靠政策投入，醫院的補償主要靠市場。所以醫院對醫生的權力(處方)是激勵，政府對醫院的逐利行為是默認。
(D)雙重保健制度和間接政府責任。
新中國成立後，中國逐漸形成了二元社會經濟結構。黨的十六大以來，二元社會經濟結構正在走向壹體化。然而，醫療保健系統仍然堅持二元論。在醫療保健方面，城市醫療保健和農村醫療保健是二元的。農村衛生工作壹直是衛生工作的重點，但在實際操作中，重城市輕農村的格局從未改變。80%的衛生資源集中在城市，而廣大農村和70%左右的人口只享有20%的衛生資源，導致基本醫療的公平性和可及性較差。
這樣，不同地區、不同保險制度的居民，只是在本地區、本制度內的小範圍內公平，很難保證人人享有公平的醫療待遇。這與我國衛生事業發展中政府財政投入的分配機制密切相關。