人類藥物知識的來源可以追溯到古代。人們在尋找食物的同時，通過反復嘗試，發現了許多具有生理功能的植物，可以用來預防和治療疾病，所以有“藥食同源”的說法。據古書記載，神農(約公元前2700年)嘗百草治病，但他壹日遇70毒，說明我們的祖先有著漫長而廣泛的醫療實踐，逐漸豐富了對藥物的認識。但是在太古代，文字還沒有普及，這些知識只能靠老師口述。後來有了文字，就逐漸記錄下來，出現了醫書。這些書起到了總結前人經驗，便於流傳和推廣的作用。因為草藥占了藥物的大多數，所以記錄藥物的書籍被稱為“本草”。據考證，秦漢時期有許多通俗的本草，但這些本草都已失傳，無從查考。已知最早的本草著作是《神農本草經》，作者不詳。根據其中記載的地名，可能是東漢張仲景、華佗等人對前人著作的修改。
《神農本草經》三卷載有365種動、植物、礦物，分為上、中、下三類:“壹百二十種藥為君，主要用途為養命，無毒。如果妳長期服用它們，它不會傷害人。欲輕體益氣，則不老。”壹百二十種中藥為臣，其主要滋補性質是回應人。它們無毒，也有毒，要酌情考慮。欲抑疾補虛者，在精；壹百二十五種經方為輔，主治因地制宜，有毒，不能久服。欲除寒熱邪，破積疾者，經方治之。“每種藥物都有它的性質、味道、功能和主治，另壹個有序的例子簡要敘述了用藥的基本理論，如毒性、四氣五味、配伍、用藥方法、丸、散、膏、酒等劑型。可以說《神農本草經》是對漢代以前中國藥物知識的總結，為以後的藥物發展奠定了基礎。
清代道光年間，吳起專門研究植物的兩部著作《植物名實考辨》和《植物名實考辨》問世。前者記載了1714種藥物，後者記述了838種植物，用準確的插圖詳細描述了每種植物的顏色、味道、用途和產地，特別強調了同名植物和異物的藥用價值。
現代生藥學的發展
生藥學是在人類與疾病鬥爭的過程中，隨著生產發展的需要和科學研究的進步而逐漸積累和發展起來的壹門關於天然藥物的科學。從歷史上看，生藥學的發展大致可分為三個時期，即傳統本草學(或藥物學)時期、現代商品生藥學時期和現代生藥學新時期。
古代草藥著作出現於2000多年前，直到19世紀中期生藥學成為獨立學科，世界各國都處於傳統草藥時期。當時的藥物(生藥)知識主要靠感官和實踐經驗積累。古代本草書籍的內容主要是記載藥效，也有關於生藥和藥用動植物的名稱、起源、形態和感官鑒別特征。因為地域不同，經歷不同，很難在藥物上達成壹致。而且由於當時缺乏科學，對藥物的認識難免膚淺或主觀。
生藥有效成分的不斷闡明和分析方法的迅速發展開創了現代生藥學的新時代，促進了對影響生藥質量的各種因素的科學探討。比如對於藥用植物(如薄荷、洋地黃、金雞納等。)有效成分明確，經濟價值大，從選種、嫁接、雜交、環境條件和栽培技術、病蟲害防治等方面進行研究，提高產量和品質；對藥材采收期、加工方法和貯藏條件的研究，旨在提高和保持藥材的優良品質。
人工方法引起了藥用植物遺傳因子的突變和多倍體植物的形成，利用示蹤原子探索植物中有效成分的形成過程和影響因素，利用細胞和組織培養方法生產藥用植物中的有效物質取得了進展。由於植物化學成分知識的積累，對各種植物的化學成分及其親緣關系進行了科學的探討，植物化學分類學開始形成。這門科學的發展具有分類學意義，將促進新的生藥資源的開發。