2交易隱蔽，稅源難以控制。在傳統交易中，經營者壹般都有固定的經營場所或住所。以電子商務為例，經營者通過服務器在網上從事經營活動，沒有固定的經營場所，服務器也容易移動。交易場所靈活多變，稅務機關很難從地域上對其進行清理和控制。因此，經營者不辦理稅務登記和納稅申報，逃避稅收管理，極有可能導致偷稅漏稅，造成國家稅收流失。
3.商品交易簡化，稅收環節減少。傳統交易模式下，代理商、批發商、零售商等商業中介，包括常設機構，都有規範的稅務登記和固定的經營場所，稅收征管相對容易。在電子商務交易中，產品或服務的供應商和消費者可以直接在世界各地進行交易。在稅收環節減少的情況下，消費者很難從批發商、零售商等中間商那裏獲得稅收。而買賣雙方都具有很強的隱蔽性，稅務機關很難控制，可能導致大量稅收流失。
4.交易場所集中，稅源分布不均衡。目前，我國網絡交易的征稅地點尚未明確。實踐中，為方便起見，以銷售者或勞務提供者所在地為征稅地點。這樣，壹方面所得稅稅源集中在生產地或勞務提供者，另壹方面流轉稅稅源集中在生產地或勞務提供者，加劇了稅源分配不均，造成國內稅源。此外，跨國公司可以在避稅天堂設立服務器，並將提供或接受在線交易的地方轉移，以避免壹些稅收。
加強電子商務稅收管理的政策
如何對電子商務征稅，主要集中在稅收征管技術手段的研究上。電子商務具有隱蔽性和流動性的特點，空間上的地理距離並不構成交易的障礙，這無疑給稅收征管帶來了很大的困難，但不宜將電子商務的稅收征管復雜化，無所適從。筆者認為應從以下幾個方面加強電子商務的稅收管理。
1.完善註冊管理，實施源頭控制。
2.控制資金流，把握電商管理的關鍵環節。
3.制定網上交易的稅收控制措施。
4.提高稅務幹部的綜合素質。
總之，隨著我國電子商務的快速發展，現行稅制和稅收征管方式在應對電子商務中出現的新情況、新問題方面的矛盾日益暴露。必須重視電子商務中稅收征管方法和手段的改進，以適應信息技術對稅收征管的要求，最大限度地堵塞稅收漏洞，減少稅收流失。