老師跟不上。
雖然我國中小學教師的學歷水平有了明顯提高，但科學教師的教學能力整體不足。相關調查顯示，壹些地方70%以上的小學科學教師不合格；理科教師中，理科教育專業的僅占6.6%，理科專業的僅占22.9%。
課程的整體優化還不夠
基礎教育階段科學課程的整體設計是提高科學教育質量的基礎。國際上，大多數國家K-12(從幼兒園到高中)都有系統的科學課程標準，而我國還缺乏系統的設計，存在明顯的學科壁壘，學科間的融合不夠，不能很好地適應不同年齡段學生的認知規律。
薄弱實驗教學
據調查，雖然中小學普遍配備了科學實驗儀器設備，但由於師資力量不足，部分農村學校的科學實驗課程設置並不理想。2017年國家義務教育科學教育質量監測數據顯示，在壹個學期內，54.6%的四年級學生反映在部分課上從不做或只做動手實驗，物理實驗的開設尤其不理想。
科研支撐不足
目前，我國自然科學基金和各類教育規劃課題中基本沒有科學教育項目，中小學從事科學教育研究的力量薄弱，特別是頂尖科學家參與科學教育研究不足，對科學教育重大問題的深入研究不夠。
針對中小學科學教育中存在的突出問題，有幾點思考和建議:
1，樹立科學教育的正確導向。全面貫徹黨的教育方針，把促進全體學生科學素養的發展和適應社會需求作為衡量科學教育質量的根本標準。
以教育評價改革為導向，探索適合學生各學段身心發展規律的科學教育評價方式，克服只註重知識和分數的傾向，堅決扭轉過分功利和短視的傾向，更加註重激發學生的科學興趣，培養學生的科學精神，教育引導學生熱愛科學、敬畏科學、探索科學。
2.整體優化科學課程體系。統籌小學、初中、普通高中科學課程設計，加強上下銜接。探索壹條合適的途徑，實現不同學科課程的有機整合。緊跟科學研究的重大進展和科技革命的未來趨勢，及時充實中小學科學課程標準。
3.努力彌補老師的不足。針對中小學科學教師素質不高的問題，提高科學教師培養門檻，建立健全科學教師準入制度，嚴把源頭關。引導和支持師範院校特別是高水平師範院校加強理科教師培養。出臺激勵政策，吸引“雙壹流”高校參與中小學科學教師培訓。