中醫直接脫胎於中國傳統文化，與傳統文化思想有著密切的關系。兩者密切相關，這是中醫的壹大特色，在世界文化史上獨樹壹幟。
那麽中國的傳統文化是什麽呢？中國傳統文化是指在古代或很久以前就在中國產生和發展並代代相傳的具有自身特色的精神文化。中國傳統文化是儒釋道長期融合，三位壹體，密不可分，以儒家思想為主體。儒家的天人合壹、以人為本、以和為貴、中庸之道；道家的倚天、對立統壹、清靜無為思想；佛教的眾生平等和慈悲思想對中醫學的形成和發展產生了深遠的影響。特別是強調人與自然和諧相處的“天人合壹”觀，不僅是中國傳統文化的精髓之壹，而且直接創造了中醫學的基本框架，為中醫學的起步和發展找到了出發點和歸宿。中醫天人相應的整體觀，五行相交的藏象學說，陰陽互根的治療原則，都烙上了中國古代哲學的印記。
在科技發展受到極大限制的古代，人們無法把握微觀世界，但對宏觀世界的把握卻是準確的，這種把握甚至超越了肉眼，囊括了整個宇宙。在中國古代認知理論中，微觀就是宏觀，“壹花壹菩提壹葉壹世界”，宏觀和微觀是等價的，認知方式是壹樣的。宏觀世界是人類能夠認識的壹切可以想象的事物的總和，所以傳統文化強調認識的立足點和出發點，重視觀察角度，以自我為中心，“學而時習之”並對其進行透徹的研究；以“心”為軸，“我心即宇宙，宇宙即我心”。這些觀點直接滲透到中醫理論中。中醫講究整體調整，陰陽調和，辨證論治，力求陰陽動態平衡。診療時要正確待人，察證後求因，同病異治，異病同治；用藥強調君、臣、輔，升降適中，出入有序，方法廣用，攻法慎用...
但是，人的認知能力在壹定時期內總是受到壹定程度的限制。由於認知手段的局限，當時人們對自然的認知非常有限，充滿了疑惑、矛盾和無能的感覺。他們無法用準確的語言準確地描述客觀世界，也無法驗證理論的正確性。他們只能從壹個理論推到另壹個理論。在中醫學中，是理論內涵的不確定性和外延的無限擴張。理論上的自圓其說，解釋上無可辯駁的模糊性，以及諸多的發散性，長期以來壹直為人們所詬病。而且隨著時代的發展，中醫越來越傾向於自省，對外界吸收不夠，中醫發展與科技發展脫節，這些都成為中醫在傳統文化反思大潮中頻頻被詬病的致命傷。