1.局部熱刺激效應
艾灸是用艾火刺激人體的某壹部位來治療疾病和預防疾病的壹種治療方法。艾灸點皮膚外溫度高達65438±030℃，皮膚內最高溫度約56℃。皮下和肌肉層的溫度變化與表皮不同，艾灸刺激不僅涉及淺層，還涉及深層。正是這種溫熱刺激引起局部皮膚充血、毛細血管擴張，增強局部血液循環和淋巴循環，緩解和消除平滑肌痙攣；加強局部皮膚組織的新陳代謝，促進炎癥、斑疹、水腫、粘連、滲出物、血腫等病理產物的消散和吸收。同時能增加汗腺的分泌，有利於代謝物的排泄；還可引起大腦皮層抑制擴散，降低神經系統興奮性，起到鎮靜鎮痛作用；同時，加溫也能促進藥物的吸收。發現艾灸有近紅外輻射。人體不僅是紅外輻射源，還是良好的紅外吸收體。艾灸的近紅外輻射為人體的活動提供必要的能量，艾灸發出的近紅外光的量子能量是由人體調節的。艾灸療法過程中，近紅外輻射作用於人體穴位時，具有較高的穿透能力，是壹種有利於刺激穴位的信息照射。在“產生刺激振動”的基礎上，借助反饋調節機制，糾正病理狀態下的能量/信息代謝紊亂，調節機體的免疫力，達到恢復正常功能的目的。
2.經絡調節
經絡理論是中醫理論的重要內容，也是艾灸的理論基礎。人是壹個整體，五臟六腑四肢相互協調。這種協調關系主要是通過機體的自動控制和調節系統來實現的。皮膚起著接收器和效應器的作用，經絡起著傳遞信息和溝通的作用，大腦綜合分析處理信息，發出指令，起著指揮的作用，即皮膚經絡系統。
大腦的四肢和內臟有上百個骨骼，這也是生物全息術的研究成果。醫學證明，即使是很小的局部病變，也會表現出全身紊亂的全部反映(如皮膚紅腫，可引起發熱和全身不適)。因此，經絡是壹個多層次、多功能、多形態的控制系統。因此，艾灸施於穴位時，由於艾火的溫熱刺激，產生相互激發、相互協調、作用疊加的結果，產生生理放大效應。
3.其他功能
艾灸的治療作用也可以通過調節人體的免疫功能來實現，而且這種作用具有雙向調節的特點，即低者可升，高者可降。因為艾灸是施於穴位，它首先刺激穴位本身，刺激經行，調動經絡的功能，使其更好地發揮整體的行氣活血和陰陽作用，激活皮膚中的某些神經末梢參與機體的免疫調節，從而對疾病的治療有明顯的調節作用。
綜上所述，艾灸的機理是艾灸在燃燒過程中產生的熱效應傳遞到經絡系統，調動人體的免疫功能，作用於人體內臟和四肢的病變部位。這種多層次、多功能、多形態的調節，在相互作用和相互刺激下，產生了治療的乘數效應。