2004年，海關總署批準在園區設立出口加工區B區和全國首個“海關保稅物流中心(B型)”試點。海關保稅物流中心(B型)監管模式解決了加工貿易產業鏈上下遊之間的產品流通問題，結束了周邊企業產品必須“壹日遊港”的局面。同時，也為園區物流行業開展VMI(供應商管理庫存模式)和DC(進出口配送模式)提供了可能。目前，園區保稅物流業務輻射全國23個省市，服務園區內外2000多家生產企業。
2006年6月5438+2月65438+7月，國務院正式批準在蘇州工業園區設立“綜合保稅區”，開展具有保稅港區綜合保稅功能的海關特殊監管區域試點。
2007年8月28日，蘇州工業園區綜合保稅區通過海關總署等九部委聯合驗收，封關運行。根據國務院批復，蘇州工業園區綜合保稅區的相關稅收、外匯政策將按照《國務院關於設立洋山保稅港區的批復》的有關規定執行。海關按照保稅港區監管辦法進行監管。“這意味著綜合保稅區不僅享受‘保稅外貨進區、內貨進區退稅、區內交易免稅’政策，還適用各類保稅港區的優惠政策，可以充分發揮區位和政策優勢，拓展相關功能。目前，綜合保稅區可從事的業務包括:存放進出口貨物及其他未辦結海關手續的貨物；對外貿易，包括國際轉口貿易；國際采購、分銷和配送；國際過境；測試和售後服務維護；商品展示；R&D，加工制造業；港口運營；經海關批準的其他業務。