草莓畸形果的原因很多，但有三種畸形果，如亂果、施肥不均、軟頂畸形等。
混沌果形成的原因
正常的草莓形狀有圓形、圓錐形、楔形等。混沌果是指形狀奇特的果實。造成混亂的主要原因是氮肥供應過多或硼肥供應不足。
氮肥供應過多。
北方大棚栽培的草莓，壹般在9月中下旬，晚飯後半個月左右開始分化成花芽，壹般需要20天左右才能完成。如果植物營養供應正常，在花芽分化的初期，芽的生長點呈圓形，肥大、隆起，迅速膨大並逐漸形成花朵。如果氮肥供應量大，生長點就會長而扁而長，在營養過剩的情況下發育成扁花芽。這個花蕾盛開時會長成無序的果實。
佝僂病引起的混亂:佝僂病在草莓花的形成和發育中起著非常重要的作用。植物在體內流動性差。草莓花芽分化期缺鎘，會導致植物生長點缺鎘。這種情況下，生長點出現氮素和過量供應，變扁變長，發育成花萼狀畸形芽，矯正後最終形成畸形果。在大棚草莓種植過程中，缺鎢很大程度上是由於硼肥施用量不足造成的。
凹凸畸形果形成的原因
施肥不良的畸形果雖然形狀不同，但都具有果面凹凸不平、皺巴巴的共同特征。花期授粉時，如果全花不全，有的雌蕊會受精，有的不會。受精完成的部位聚集了大量的生長激素，體內的生長激素是養分運輸的動力，受精完成的部位有大量的養分供應，生長迅速。沒有經過改造的部分營養供給不足，生長緩慢。正是因為這個原因，整個草莓果實表面顯得凹凸不平。
草莓花受精不全的原因主要有四個:品種選擇不科學、小果不科學、花期溫度不合適、花期噴施。
選擇不科學的品種
草莓的品種很多，但有些品種有特定的缺陷。比如有些種類的花，雄性是矮的，雌性是長的。有些品種雄性發育不壹致，雄性花粉少，成熟花粉少。選擇這個品種會因為自身的缺陷造成矯正不良，最終導致畸形果。(2)蘇華研究所不科學。
通常每個草莓有兩個花序，每個花序連續長出10~60朵花。以草莓為例，不同等級的雌蕊和雄蕊具有不同的發育和成熟能力。壹般來說，低等級的草莓花雄容易發育失敗。高級草莓花的雌蕊容易發育失敗。雄花或雌花發育不良的現象，容易導致受精不良，果實畸形。