目前臨床應用的常用中藥有5000多種，其中可作為藥膳原料的有500多種。如冬蟲夏草、人參、杜仲、天麻、當歸、枸杞等。這些藥物與食物的配伍、炮制、應用需要遵循中醫理論，使其功能互補、相互協調，否則會出現失誤或影響療效。因此，中國傳統醫學對藥膳的應用有嚴格的禁忌。
藥膳中的藥物配伍禁忌遵循《中藥學》理論，壹般指“十八反”和“十九畏”。
“十八反”的具體內容是:
1、甘草、大戟、海藻、芫花；
2、川貝母、瓜蔞、半夏、白蘞、白芨；
3.藜蘆、沙參、丹參、玄參、苦參、阿莎麗和芍藥。
“十九怕”的具體內容是:
*硫怕硝酸鹽，
*水銀怕砷，
*狼毒怕和尚，
*巴豆害怕矮牽牛花，
*丁香害怕姜黃，
*川烏和草烏恐犀牛角、
*牙硝怕三棱、
*關桂偉的埃洛石，
*人參怕五靈脂。
以上配伍禁忌可以作為用藥參考，其實不然。在古今方藥的應用中，也有壹些防恐的用法。比如參與使用五靈脂的壹方，可以補脾胃，止痛，壹定要在有經驗的臨床醫生指導下應用。
二、藥物與食物禁忌的配伍禁忌是古人的經驗總結，後人遵循此。
雖然有些禁忌還有待科學證明，但在得出可靠結論之前，還是要參考傳統說法，謹慎使用為宜。
壹般來說，止汗藥忌寒，脾胃藥忌膩，消腫理氣藥忌豆，止咳平喘藥忌腥，止瀉藥忌瓜果。
這些禁忌主要包括:
*豬肉防烏梅、桔梗、黃連、芫荽黃、百合、蒼術；
*羊肉反半夏、菖蒲，忌銅、朱砂；
*狗肉反對商陸，忌杏仁；鯽魚忌厚樸，忌麥冬；
*豬血忌地黃、何首烏；豬心忌吳茱萸；
*鯉魚忌朱砂；麻雀肉忌白術、李子；
*洋蔥忌常山、地黃、何首烏、蜂蜜；
*大蒜忌地黃、何首烏；
*蘿蔔宜忌地黃、何首烏；
*醋忌茯苓；土茯苓、威靈仙忌茶等。這些可作為臨床應用的參考。
三、食物與食物的配伍禁忌古人對於食物與食物的配伍也有壹些禁忌。雖然道理不充分，但在藥膳的應用上可以作為參考。
這些禁忌是:
*豬肉應避免蕎麥、鴿子、鯽魚和大豆；
*羊肉吃醋；
*避免狗肉中有大蒜；
*鯽魚忌芥菜和豬肝；
*豬血忌黃豆；
*豬肝忌蕎麥、豆瓣醬、鯉魚腸、魚肉；
*鯉魚忌狗肉；龜肉忌莧菜、酒、水果；
*鰻魚忌狗肉和血；麻雀肉忌豬肝；
*鴨蛋忌桑葚、李子；雞肉忌芥末、糯米、李子；
*龜肉應避免豬肉、兔肉、鴨肉、雞蛋和莧菜等。這些禁忌的主要應用是它應該引起氣滯、疾病、風和瘡。
四、病人禁忌禁忌是中醫理論和實踐的壹項內容。
它主要包括兩類:
壹是某些疾病忌某些食物。
如:肝病不宜辛辣；心臟病不鹹；水腫忌鹽；骨病有酸有甜；膽病不宜油膩；寒性疾病忌瓜果；魚蝦為瘡禁忌；頭暈，茶，失眠，忌辣椒和胡椒。
另壹類是指某些疾病，某些食物。
如陰虛內熱、痰火上炎、津液衰竭者，忌食生姜、辣椒、羊肉等溫熱、幹燥、發熱的飲食；外感疾病、咽喉疾病、眼疾、瘡瘍、青春痘後，應避免食用芥末、大蒜、螃蟹、雞蛋等刺激性的產品；凡是濕熱之人，應忌食焦糖、芝士酥、豬肉、米酒等食物。凡中度寒性脾虛、病情嚴重、產後者，忌食西瓜、螃蟹、田螺、文蛤、梅子。各種失血、孕婦等忌食箭頭、辣椒、痔瘡等活血飲食。懷孕期間，破血通經的產品，劇毒，催吐，辛滑。
有些禁忌已被證明是合理的，有些是不現實的，在藥膳的應用中可以作為參考。