1，稀釋傾倒板
特點:菌落分離比較均勻，微生物計數結果比較準確。但操作相對麻煩，熱敏菌有時容易燙死，嚴格需氧菌固定在培養基中也可能受影響。
2、塗布平板法
特點:操作比較簡單，是常用的套路方法。但有時某些部位的菌落會因為塗布不均勻而無法分離，所以在計數微生物時要特別註意稀釋和塗布過程的操作，否則很難得到準確的結果。
3、平線法
特點:操作簡單，多用於現有純培養物的確認和再分離。
應用:這三種方法可用於所有能在固體培養基表面形成菌落的微生物的純培養和分離。此外，通過選擇合適的平板和培養條件，可以直接分離具有特定生理特征的各種微生物。結合厭氧池或厭氧手套箱技術，這三種方法也可用於各種厭氧菌的純培養。
4、稀釋搖管法
特點:稀釋倒置平板法的壹種改良形式，但由於菌落形成在瓊脂柱的中間，所以觀察和挑選相對困難。
應用:在沒有專業厭氧操作設備的情況下，進行嚴格的厭氧菌分離觀察。
第二，分離液體培養基
1，稀釋法
特點:工作量大，能否獲得純文化取決於統計推測。
應用:不能或不易在固體培養基上生長的微生物的純培養分離或定量統計。
2.增殖培養
特點:壹般不能直接獲得微生物的純培養物。在自然環境中原本是少數的微生物通過增菌培養數量大大增加後，相應的微生物純培養物需要通過平板法進行分離檢測。
應用:
(1)根據壹種微生物的特殊生長要求，該微生物被有效地從自然界中分離出來；
(2)分離培養能在科學家設計的特定環境中生長的微生物，雖然我們不知道在這種特定環境中能生長什麽微生物。
第三，微操作
單細胞(孢子)采摘
特點:分離過程直觀可靠，但對儀器和操作技術要求高，多限於高度專業化的科研。所選微生物的單細胞或孢子需要在固體或液體培養基中培養以獲得其純培養物。
應用:直接從樣品中分離出所需的微生物細胞或孢子，獲得其純培養物。