1.垂直關系
行政機關之間的縱向關系是指行政組織體系中基於隸屬關系的上下級行政機關之間的關系。這種關系可以分為兩種:壹種是領導關系，即上下級行政機關之間的指揮和服從關系。在領導關系上，上級行政機關有指揮權、指揮權和監督權，有權改變或撤銷下級行政機關違法或不當的決定。下級行政機關有義務服從和執行上級行政機關的決定和命令，不得違反和拒絕，否則將承擔壹定的法律後果。上下級行政機關之間的領導關系有兩種:垂直領導關系和雙重領導關系。在垂直領導關系中，行政機關壹般只直接接受上級行政機關的領導，比如地方海關只接受海關總署的領導。雙重領導關系中的行政機關應當同時接受兩個上級行政機關的直接領導。比如，地方各級公安機關既要接受上級公安機關的領導，又要接受同級人民政府的領導。另壹種是指導關系，即上下級行政機關之間的壹種行業或業務指導監督關系。在指導關系上，上級主管部門享有業務指導權和監督權，但對下級行政機關沒有直接的指揮權和指揮權。上下級行政機關之間應實行垂直領導關系、雙重領導關系還是指導關系，應根據其性質和權限要求確定，並由行政機關組織法規定。
2.橫向關系
行政機關之間的橫向關系是指沒有隸屬關系的行政機關之間的關系。兩個行政機關，無論是否同級，只要沒有隸屬關系，就是橫向的。這種關系有三種:壹種是權限劃分，比如人民政府各部門之間的權限劃分，這種權限劃分的結果就是各種行政管轄。二是公務協助關系，又稱職務協助，是指對某壹事項無管轄權的行政機關，基於有管轄權的行政機關的請求，利用職權，依法給予協助。這種官方協助關系在中國組織法中並不少見。比如《海關法》第七條規定，海關執行公務受到抵制時，可以請求公安機關和人民武裝警察部隊提供專業協助。三是監督制約關系，如審計部門、監察部門、財政部門等行政機關。《中華人民共和國審計法》第二條規定:“國家實行審計監督制度。國務院和縣級以上地方各級人民政府設立審計機關。國務院各部門和地方各級人民政府及其部門的財務收支，國有金融機構和企業事業組織的財務收支，以及依照本法規定應當接受審計的其他財務收支，依照本法規定接受審計監督。審計機關應當對前款所列財務收支的真實、合法和效益進行審計監督。”《中華人民共和國行政監察法》第二條規定:“監察機關是人民政府行使監察職能的機關，依照本法對國家行政機關、國家公務員和國家行政機關任命的其他人員進行監察。”