北子寺占地1.2平方公裏，沿襲黃教傳統建築格式，結構獨特，雕刻精細美觀。它由主廟、次廟、家廟、佛塔和許多僧舍組成。
整體布局分為七大高科技壁廟。在七面並排的墻的兩側是哈比勒汗的2500座私人寺廟、寺廟倉庫、王子官邸和喇嘛廟。有七個代表殿(單宮)，五個講堂(學部)，六個臥房(拉蔔楞)，六座塔，十壹座寶頂殿。其中，西紅墻(又稱西寺或千佛殿)主要供奉的是上千尊佛像，包括拉蔔楞寺、千佛殿、活佛殿和執事雍和宮。朝克勤殿(又名大經殿、大雄寶殿、行政教育殿)是紅墻的主體部分，包括彌勒佛、鐘鼓樓和放置本寺活佛佛塔的靈堂。在東紅墻(又稱東寺)，以切日寺(大庸經堂、仙教部，又稱福原寺)為主體建築，包括廂房、沙木青、宮青、榮墾、切日後宮、大廟倉、茶都府倉庫和執事喇嘛的住所。再往東是朱杜巴、曼巴、丁克爾和甘朱爾。西四大殿有山門，其余為小門或側門。其中大經堂的大門高大，前面是全寺的廣場(今天的集市)，這裏有講經臺，全寺的集會都在這裏舉行。
北子寺經過七世活佛的不斷修繕。整個建築群有七個大殿、五個拉蔔楞(活佛殿)和五個佛塔，包括朝克欽、甘明、切裏、珠都巴、甘珠爾、丁克爾和額勒特圖。此外，在寺廟的東西兩側和後面還有30多個寺廟倉庫和兩個喇嘛住所。這些建築巨大而壯觀。北子廟建成後的百年間，該廟成為牧民朝拜的主要場所，香火鼎盛。寺內有大量反映蒙古族歷史和生活的壁畫，是研究蒙古族歷史和民族藝術的珍貴史料，具有雕梁畫棟、重樓樓閣、飛檐鬥拱的建築風格，以及各種佛像和華麗的繪畫裝飾，都具有鮮明的民族特色。
北子寺西殿，又稱活佛倉，是壹座規模宏大的四合院。它是整個寺廟建築的精髓。東寺有五個拉蔔楞，分別是倉活佛、色、新拉蔔楞、切日後貢、古力多布圖、旺代哈斯勒。每壹棟建築都氣勢磅礴，彩繪精美，裝飾具有鮮明的民族特色。是本寺活佛的高級居所或接待貴賓的地方，富麗堂皇如宮殿。
壹座紅塔和五座白塔環繞著整個寺廟。其中，紅塔是為了鎮壓邪靈而建造的。羅本雍和宮東面有壹座白塔(也叫內塔)。據喇嘛回憶，是為了紀念壹位功勛經師而建，至今已有200多年。其他四座白塔位於全寺圓角上的四座白塔內的區域，為寺管轄。貝子廟的喇嘛教是藏傳佛教，在這壹帶也被稱為黃教、喇嘛教或黃帽教。自元代由西藏、青海傳入本區。為了實現“政教合壹”的目標，清廷將喇嘛教分為四個轄區。內蒙古等地的黃教由張家活佛治理。