與化學萃取相比，超臨界流體萃取具有以下突出優點:
(1)在CO2氣體的覆蓋下，可在接近室溫(35-40℃)下提取，有效防止熱敏性物質的氧化和逸出。因此，提取物中保留了藥用植物的所有成分，沸點高、揮發性低、易熱解的物質可在其沸點溫度以下提取；
(2) SFE是最清潔的提取方法。由於全程不使用有機溶劑，提取物中無殘留溶劑，同時防止了提取過程中對人體的毒害和對環境的汙染，100%純天然；
(3)萃取分離壹體化。當充滿溶解物質的CO2-SCF流過分離器時，由於壓力下降，CO2和萃取物迅速變成兩相(氣液分離)，不僅萃取效率高，而且耗能少，節約成本。
(4)CO2是壹種惰性氣體，在提取過程中不發生化學反應，屬於不可燃氣體，無味、無嗅、無毒，因此是安全的；
(5)CO2價格便宜，純度高，易得，在生產過程中可以循環使用，降低了成本；
(6)壓力和溫度都可以用作調節提取過程的參數。通過改變溫度或壓力來達到提取的目的。壓力是固定的，改變溫度可以分離物質；反之，溫度固定，減壓分離提取液，工藝簡單易掌握，提取速度快。