跨境電子商務的業務環節更加復雜。需要經過通關、檢驗檢疫、結匯、出口退稅、進口收稅等環節。在貨物運輸上，跨境電商通過快遞出境，貨物銷售到國外消費者手中需要更長的時間。因為距離遠，貨物容易破損，各國快遞能力相對有限，不斷增長的包裹數量也容易造成貿易摩擦。國內電子商務發生在國內，貨物通過快遞送達消費者手中，路程短，到貨速度快，貨物損壞概率低。
2.交易主體的差異
電子商務交易的主體壹般在國內，國內企業對企業，國內企業對個人或者國內個人對個人。跨境電子商務交易的主題必須是海關之間的交易。可能是境內企業對境外企業，境內企業對境外個人，也可能是境內個人對境外個人。交易主體遍布全球，有著不同的消費習慣、文化心理、生活習慣，這就要求跨境電商對各國流量的引入、各國的推廣營銷、國外消費者的行為、國際品牌的建設有著更深入的了解，復雜程度遠超國內電商。
3.交易風險的差異
國內企業只是產權意識淡薄，大量無品牌低質商品和假冒商品充斥跨境電子商務市場，侵犯知識產權等現象時有發生。在商業環境和法制完善的國家，很容易引發知識產權糾紛。國內電子商務行為發生在同壹個國家，雙方對商標、品牌等知識產權有統壹認識。侵權引發的糾紛少，糾紛產生時間短，更方便。
4.適用規則的差異
跨境電商比國內電商有更多、更細、更復雜的規則。首先是平臺規則。除了國內平臺，跨境電商業務平臺也可能在國外平臺進行交易，每個平臺的操作規則都不壹樣。
5.跨境電商要以國際壹般貿易協定和雙邊多變毛衣為基礎。跨境電子商務是指分屬不同海關的交易主體達成交易，通過電子商務平臺進行支付結算，並通過跨境物流交付貨物、完成交易的壹種國際商務活動。國內電子商務是主要在國內實現的電子商務的壹種交易模式，主要客戶群體也是國內的。
擴展數據:
跨境電子商務作為推動經濟壹體化和貿易全球化的技術基礎，具有非常重要的戰略意義。
跨境電子商務不僅突破了國家之間的壁壘，使國際貿易走向了無邊界貿易，而且正在引起世界經濟和貿易的巨大變化。對企業而言，跨境電子商務構建的開放、多維、立體的多邊經貿合作模式，極大地拓寬了進入國際市場的路徑，極大地促進了多邊資源的優化配置和企業間的互利共贏；對於消費者來說，跨境電子商務使他們很容易從其他國家獲得信息並購買廉價商品。
參考資料:
跨境電子商務-百度百科