1.***轉化:這種方法的原理是將標記基因和外源基因放在兩個不同的T-DNA片段中，這兩個片段可以連鎖，也可以存在於不同的DNA分子中。
使用的轉化方法可以是emphasis介導的:role = italicagrobacteriumemphasis，也可以是粒子轟擊。在轉化過程中，兩個T-DNA片段整合到植物基因組的不同位置。在減數分裂過程中，標記基因和外源基因會被分離。這種方法產生的* * *轉化後代只有25%分離到了外源基因，因此需要從大量的轉基因植株中進行篩選。另外，這種方法要求植物有性生殖，不適合馬鈴薯、甘蔗等無性植物的轉化。
而且用基因槍轉化，有時兩個DNA分子* * *整合，不能有效獲得帶有切除標記基因的植株。
2.轉座子介導的重定位:該方法基於玉米的AcDs和SpmdSpm等轉座子系統。轉基因植物中的轉座可以將帶有標記基因的DNA片段與目的基因分離。通過轉基因植物和非轉基因植物的雜交以及後代的分子分析，可以獲得沒有標記基因的後代植物。理論上，轉基因植物只含有目的基因和轉座因子的末端重復序列，其他所有用於轉化和轉座的DNA，如T-DNA、標記基因和轉座酶等都被剔除。不同植物的轉座活性差異很大，當轉座頻率很低時，需要進行大量的篩選工作。
3.同源重組:這種方法是將標記基因放在重復序列之間，通過重復序列的同源重組來切割標記基因。這些重復序列可以是轉基因盒的任何部分，如啟動子和終止信號。植物中同源重組的頻率很低，而且需要很長時間。壹般需要兩輪連續篩選，整體效率很低。
4.位點特異性重組:目前至少有四種重組酶介導的位點特異性重組系統被證明在植物細胞中發揮作用:噬菌體P1的CRElox系統、啤酒酵母的2μm質粒FLPFRT系統、發酵酵母菌rouxxi的RRS系統和Mu噬菌體的Gin重組酶系統。這些方法只能用於通過有性雜交繁殖的植物，不適用於世代較長的植物(如樹木)。最近，λ噬菌體attP位點介導的特異性重組系統也被嘗試用於消除轉基因煙草中的標記基因。將兩個352bp λ噬菌體的attP位點序列置於標記基因npt的兩側，通過它們之間的重組去除標記基因。該系統不需要其他蛋白的表達，也不需要去除重組酶基因的遺傳分離步驟，因此可能成為去除非靶基因的有效工具，特別適用於無性植物。