醬油的原料是蛋白質和澱粉。植物性蛋白質取自大豆油提取後的豆餅，或溶劑提油後的豆粕，也用花生餅、蠶豆代替。
在傳統生產中，大豆是主要產品；小麥和麩皮被廣泛用作澱粉原料，有些被碎米和玉米代替。在傳統生產中，面粉是主要原料。將原料蒸熟冷卻，接種純培養的米曲黴種子制成醬曲，移入發酵罐，用鹽水發酵，待酒醅成熟後浸出提取醬油。
制曲的目的是使米曲黴在酒曲上充分生長發育，產生和儲存大量需要的酶，如蛋白酶、肽酶、澱粉酶、谷氨酰胺酶、果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶等。在發酵過程中，味道的形成是基於這些酶的作用。
例如，蛋白酶和肽酶將蛋白質水解成氨基酸，產生鮮味；谷氨酰胺酶把無味的谷氨酰胺變成味道鮮美的俗谷氨酸；澱粉酶將沈澱物水解成糖，產生甜味；果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶能徹底破壁，使蛋白酶、澱粉酶水解更徹底。
同時，在制曲和發酵過程中，從空中落下的酵母和細菌也繁殖和分泌多種酶。也可以加入純培養的乳酸菌和酵母。
乳酸菌產生適量的乳酸，酵母發酵產生乙醇，曲黴菌的原料和代謝產物產生的醇、酸、醛、酯、酚、縮醛、呋喃酮等多種成分多為微量，但能構成醬油的復合香氣。
此外，原料蛋白中的酪氨酸氧化生成黑色素，沈澱物中的經典黴澱粉酶水解生成葡萄糖生成黑色素樣物質，與氨基酸反應，使醬油產生明亮有光澤的紅棕色。
發酵過程中壹系列極其復雜的生化變化所產生的鮮味、甜味、酸味、酒味、酯味與鹽水的鹹味混合在壹起，最終形成具有獨特色、香、味的醬油。
擴展數據:
米曲黴是半翅目、粘菌亞門、粘菌亞門、枝孢菌亞門和曲黴菌亞門中常見的壹種真菌。米曲黴是壹種產生復合酶的菌株。除蛋白酶外，還能產生澱粉酶、糖化酶、纖維素酶、植酸酶等。
米曲黴是生產大腸桿菌不能表達的真核生物活性蛋白的理想載體。利用米曲黴基因組所包含的信息，可以找到最適合米曲黴發酵的條件，這將有助於提高食品釀造工業的生產效率和產品質量。
在澱粉酶的作用下，原料中的直鏈澱粉和支鏈澱粉降解為糊精和各種低分子量糖類，如麥芽糖、葡萄糖等。
在蛋白酶的作用下，難消化的大分子蛋白質被降解為蛋白腖、多肽和多種氨基酸，輔料中的粗纖維、植酸等難消化物質也被降解，提高了營養價值、保健功效和消化率。廣泛應用於食品、飼料、曲酸生產、釀酒等發酵行業，已安全應用1000多年。
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