中國紅豆杉變種南方紅豆杉是紅豆杉科的著名樹種，現為國家壹級保護樹種。金華縣主要分布在海拔400-600米的山區，百年以上的樹木有140株，被縣政府列為古樹名木進行保護。該樹種生長極其緩慢，資源匱乏，而金華縣分布廣，長勢好，樹體大，種源豐富，為全國之最。
罕見。近年來，從南方紅豆杉中發現並提取了特異性抗癌藥物紫杉醇，我國南方紅豆杉的紫杉醇含量比東北紅豆杉高10多倍，引起了全世界的關註。目前，中美雙方已在上海共同開展了南方紅豆杉的組織培養、基地建設和藥物提取。此外，該樹種材質致密，心材為肉桂紅色，邊材為淺棕色，堪比紅木。銀杏被譽為植物王國的活化石和熊貓，因為它只保存在中國。是國家壹級保護植物，國家壹級珍貴樹種。目前，我國野生狀態下的原生物種僅限於浙江省西天目山有少量分布。
經調查，金華縣現有古銀杏樹11株，其中孝順鎮4株，湯溪鎮3株，曹宅、塘雅、塔石、富村鎮1株。邊峰、夏邑、湯溪鎮後大村三棵古銀杏樹的樹齡和粗細都名列前茅，DBH為1.50。縣誌記載的盤二村古銀杏，頗為奇特。主枝上倒掛著幾棵鐘乳石，鐘乳石長50厘米，厚約20厘米。據文獻報道，樹鐘乳石在銀杏樹中很少見。如果將它們移除，由於它們的再生組織，它們可以被培養成盆景植物以供觀賞。
銀杏渾身是寶，樹姿挺拔美麗，春夏有蔭，深秋金黃，備受園林專家青睞；銀杏木材堅韌，不開裂，防腐防蛀，是高檔家具和工藝雕刻的優質材料；從銀杏葉中提取的雙黃酮醇和萜類化合物是治療心血管疾病和老年癡呆癥的特效藥。在金華縣沙畈鄉銀坑村口，有壹株國家二級保護樹種——櫸樹，樹高30米，DBH 162cm，已有500年歷史。這棵樹高大雄偉。令人驚訝的是，樹根處生長著幾根三角形的板狀“板根”，而“板根”通常出現在熱帶雨林中。榆科植物很少有這種奇觀。
櫸樹的自然落種和根芽繁殖能力極強，在這棵櫸樹下已有30棵幼樹茁壯成長。相信通過林業技術人員的努力和古樹名木保護力度的加強，國家二級樹種櫸樹能夠在金華枝繁葉茂，代代相傳。金華縣登記在冊的1297株古樹名木中，最受歡迎的市樹香樟有559株，占43%。
說起樟樹王，要數付村鎮西洲村旁的壹對古樟樹。壹棵樹胸徑4.5米，需要9個人才能抱住。樹高20米，樹冠面積近1畝。是全市第壹樟樹，粗細居全省第三。經文物專家考證，該樹樹齡超過1100年，種植於唐代。千年樹身依舊繁盛，只是樹幹形成了壹個直徑約2米的空洞，人可以在裏面自由伸開雙臂。