在19世紀，長須鯨偶爾會被沒有甲板的船只捕殺。但是，與後來的船只相比，這對長須鯨來說更安全，因為它們的速度更快，在被捕殺時往往會沈入水中。但19世紀下半葉引入了蒸汽動力船，魚叉的出現也對長須鯨造成了沖擊，因為它讓捕鯨者可以獵殺和固定被捕的藍鯨、長須鯨和塞鯨。當其他鯨魚被過度捕撈時，捕鯨業就把數量仍然豐富的長須鯨作為替代目標。獵殺長須鯨的目的主要是為了鯨脂、鯨脂和須鯨。在1904年至1975年間，約有704000頭居住在南極海域的長須鯨被捕殺。1925年有船尾平臺的蒸汽船出現後，每年捕鯨的數量都大大增加。僅1937壹年，就有超過28000頭長須鯨被捕獲。從1953到1961，平均每年捕獲25000頭長須鯨。到了1962，因為長須鯨的數量已經相當稀少，他們開始捕殺鯨魚。到1974年，每年捕獲的長須鯨不到1000頭。國際捕鯨委員會於1976禁止在南半球捕殺長須鯨。
據記載，在1947年至1987年間，北太平洋約有46000頭長須鯨被捕殺。然而，這個數字是不完整的，因為蘇聯肯定非法捕殺了這些鯨魚。棲息在北太平洋的長須鯨在1976年被國際捕鯨委員會完全保護，而在1987年北大西洋禁止捕鯨，除了壹些土著人和研究目的。長須鯨被美國魚類和野生動物部及世界自然保護聯盟列為瀕危物種，也被列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄1。
在國際捕鯨委員會的程序下，北半球的格陵蘭島仍在進行土著捕鯨活動。殺死的鯨魚肉和其他產品在格陵蘭市場上廣泛流通，但出口它們是非法的。在不確定長須鯨的情況下，國際捕鯨委員會每年給格陵蘭島的配額是19。冰島和挪威不受國際捕鯨委員會暫停商業捕鯨活動的限制，因為這兩個國家反對禁令。2006年6月5438+10月，冰島漁業部門授權捕鯨者在2007年8月前捕殺9頭長須鯨。但日本在南半球以長須鯨為研究對象。這項特別認可的研究將在2005-2006年和2006-2007年間每年捕殺65，438+00頭鯨魚。在2007-2008年和接下來的12季的計劃中，每年將捕殺50頭長須鯨。