1，缺乏人力資源戰略規劃
面對日益復雜和快速變化的經濟形勢，我國許多中小企業往往更多地關註短期經濟效益，而忽略了長期發展戰略的設計。人力資源管理部門只能被動地滿足企業提出的人力資源需求，而不能根據企業的整體發展戰略和發展現實對未來壹段時期的人力資源需求做出適當的預測，提前做好準備，因此難以為企業的發展提供及時高效的服務，往往給企業帶來嚴重的損失。
2.人力資源投入不足，培訓機制不完善。
我國許多中小企業的管理者還沒有真正認識到人員培訓是人力資源開發的重要手段，往往把培訓經費僅僅看作是企業的成本而不是長期投資。員工培訓的經費很少，少數中小企業根本沒有培訓經費。
培訓機制不完善，主要表現在以下幾個方面:壹是沒有培訓策劃師，即使有，也只是被認為是重要部門整合的富余人員。二是沒有完整全面的培訓計劃，或者臨時抱佛腳，或者培訓課程不適合培訓人員，或者只培訓高級人員，忽視基層人員。表現出明顯的被動性、臨時性和片面性，缺乏系統性、科學性和預見性。三是在員工培訓開發過程中，沒有采取相應的監督、考核等管理措施，培訓難以達到預期效果。
3.人員招聘和選拔機制不科學
招聘本身顯然應該是有計劃性、程序化、科學化的。然而，由於缺乏規範的招聘程序，我國相當壹部分中小企業沒有詳細周密的招聘計劃，其招聘往往呈現出“現在就招”的特點。導致招聘人員往往反復到本地或跨區域人才市場尋找企業需要的人才，費時費力，導致招聘成本高，企業難以招到滿意的人才。
選拔人才的方法存在單壹落後的問題。應綜合運用筆試、情景模擬、面試、心理測試、背景調查等方法進行科學選才。然而，大多數中小企業在招聘中仍然只使用傳統的面試方法，很少使用筆試、情景模擬、面試、心理測試等科學的測試方法來綜合考察應聘者的寫作能力、組織決策能力、分析創造能力和人際交往能力。在招聘過程中，往往只憑經驗，註重學歷而不註重能力，註重應聘者的談吐，不太註重應聘者的表現，不太註重應聘者的動機、態度和對組織文化的認同，因此很難保證人才的進入。
4.忽視有效激勵機制的建立和完善。
很多中小企業無法根據科學的理論分析工具來分析員工的不同需求，更不用說針對不同需求的員工設計不同的激勵措施了。他們簡單地通過增加薪酬來激勵員工的工作激情，忽略了非物質激勵(如理想激勵、目標激勵、榜樣激勵、培訓激勵和自我實現激勵等。)而忽視了良好組織環境的培養，使得企業缺乏凝聚力，員工缺乏歸屬感，在壹定程度上影響了員工的士氣和忠誠度。
5.缺乏對員工職業規劃的管理。
目前，大多數中小企業沒有對員工進行職業生涯規劃的理念，沒有將人才職業生涯規劃納入企業人才管理，沒有意識到人才職業生涯管理的投資價值，導致員工難以得到提升，發展空間不大，直接導致員工缺乏學習動力，扼殺了員工的潛能，難以提高企業的整體素質。
6、企業文化建設滯後。
目前，我國中小企業的文化建設意識還很薄弱，企業文化建設還沒有納入人力資源管理，以至於企業文化在壹個企業中的動力功能、導向功能、凝聚功能、激勵功能、約束功能、振興功能、協調功能和輻射功能還沒有得到很好的挖掘。