追溯體系的建立可分為以下幾個階段:
2.1戰略分析
建立追溯體系是壹項無利可圖的投資，增加了成本。這些成本在安裝設備方面是固定的，但在標簽成本、操作成本和執行成本方面是可變的。消費者和零售商都不希望看到價格上漲，所以企業不願意引入追溯系統。
為了使追溯有壹個清晰完整的動機，追溯系統的戰略分析應運而生。總的來說，可追溯性的目標是非常實際的。追溯體系之所以能在歐洲推行，原因之壹就是食品法的強制性要求。可追溯性的主要目標通常是定義企業部署的任務或業務方向，這有點類似於供應鏈2000(SC2000)的框架:壹個企業可以有幾種不同類型的特征。每個類別的成員對企業應用程序可追溯性的主動性或被動性有直接的影響。以消費者需求為主要方向的a級品牌廠商側重於提高產品附加值，以產業鏈參與者要求為導向的供應商側重於降低成本。
2.2系統分析
在系統分析中，現有的生產過程和可追溯的信息被制成壹個非常詳細的模型，可以識別潛在的瓶頸。用於傳輸分析信息的具體儀器仍有待討論。
2.3瓶頸分析
為了實現可追溯系統(STA)戰略分析所設定的目標，有必要對現有系統進行描述和分析——描述系統，分析和解決實現可追溯系統目標的瓶頸。瓶頸分析系統主要側重於描述現有的追溯系統，包括對產業鏈的流程、信息流和信息結構的描述。瓶頸分析主要用於判斷STA產生的可追溯性目標能否實現。對上遊信息流進行分析，確認是否能獲得必要的信息，流程中某壹點的信息缺失會被視為瓶頸。找出瓶頸後，想辦法解決，等等。
2.4系統設計
瓶頸分析導致系統設計的不斷變化，現有系統的不斷改進和擴展，以及阻礙其發展的因素的消除。系統設計的重要作用在於數據模型的設計，數據模型是追溯系統的基礎。尤其是當追溯作為壹種工具可以實現其附加功能時，精心設計這種覆蓋所有功能的數據模型就顯得尤為重要。
2.5系統結構
同時，制度設計也伴隨著制度的變化。目前還沒有衡量這個階段的標準，但是采取的步驟是基於各種因素的。例如，現有的追溯功能是否需要改變或創建壹個全新的功能？現有的功能需要基於壹個標準的方法還是開發壹個特殊的方法才能發揮作用？修復瓶頸需要對現有方法進行大量更改，還是只需稍作修改？這些問題必須根據實際需要進行適當的結構化。
2.6實際應用
瓶頸分析列出了阻礙可追溯性目標實現的潛在瓶頸列表，在功能設計中會設計相應的方法來克服這些瓶頸。首先將這些功能的設計方法轉化為流程設計，在每壹個必要的細節上，都要詳細說明系統是如何建立和工作的；然後把工藝系統的設計成果轉讓給真正能設置系統的建造者；最後可以在實踐中應用。在系統設計、系統構建和系統實際應用階段，食品指紋法與其他系統方法相似。
2.7備份方法
目前，食品指紋已經成為壹種面向可追溯性的方法。這種方法可以提出可追溯性的整體觀點，與業務目標相關，強調可追溯性的戰略作用。