1.自然歷史收藏
自然歷史館藏記錄了香港地質和自然生態的發展歷史和演變。博物館的自然歷史藏品主要包括巖石和礦物標本、貝殼和動物標本。該館收藏了約2，800件香港巖石和礦物標本，以及超過750枚在香港水域發現的貝殼。館藏動物標本1600余種，包括哺乳動物、鳥類、蝴蝶等。
2.考古文物收藏
館藏考古文物主要由四件藏品組成，分別是麥神父在廣東海豐發現的文物、粉黛裏神父在南丫島發掘的文物、李漢墓出土的58件隨葬品、香港考古學會1976以前在香港發掘的文物。這些考古藏品記錄了過去六千年人類在香港的活動，是研究香港古代史的重要資料。
3.民間收藏
博物館建立了能反映香港不同民族傳統生活習慣的藏品，包括農具、家具、農村和漁民的日常用具、漁具、漁船模型等。，這有助於闡明和了解農民和漁民的生活方式，以及傳統的農業耕作方法和漁業條件。同時，藏品中還有5500多件服飾，從清末到1970，屬於不同民族、不同年齡、不同社會階層的人所穿的服飾和配飾。從這些文物中，我們可以了解各個民族的地理環境、歷史發展、價值觀念、神話傳說、宗教信仰、風俗習慣等，有助於研究當地民族的歷史文化。
在傳統行業及生活用品的收藏方面，該館收藏了850余件木偶劇場用品及樂器，1500余件婚禮及祭祀用品，各種傳統行業用具及文獻。這些豐富的民間藏品有助於研究香港傳統節日、信仰習俗和民間工藝的發展。
4.地方誌集
博物館藏有超過七萬件本地歷史藏品，其中歷史圖片和舊明信片是研究香港歷史的珍貴資料，因為它們能真實反映早期香港的生活。藏品中有14000多張歷史圖片，主要是關於二戰前香港的街景和民生，最早的圖片可以追溯到1860。此外，博物館還收藏了約19000份歷史文獻，包括賬冊、證書、商業和政府信函以及教科書等，對研究香港的社會、經濟和教育發展有壹定幫助。
該館亦致力收集本地郵品，館藏約4000件郵品，對研究香港郵政發展史有幫助。同時，藏品中約5500枚硬幣和紙幣，多為香港歷年使用的貨幣，但也涵蓋了廣東和澳門的貨幣，以此追溯香港及鄰近地區的經濟發展。此外，博物館還收藏了許多孫中山先生本人及其家人的工業品、商業用品、家具、文物，以及前港英政府各部門的文物，都是博物館在65438至0997年交接期間積極收藏的。
位於九龍公園的香港歷史博物館，使人們能夠在公園裏放松身心，同時也可以感受香港的過去，了解香港的歷史。