在中醫藥保護方面，《條例》緊密結合實際工作需要，規定縣級以上人民政府中醫藥主管部門負責本行政區域內的中醫藥管理工作。《條例》進壹步規定了“西學”，符合規定條件的非中醫人員可以按照規定開具中成藥和中藥飲片。規定醫療機構可以從配制和使用中藥制劑中獲取合理利益，同時授權省級人民政府中醫藥主管部門會同有關部門制定具體辦法。《條例》從建立持續穩定的中醫藥發展多元投入機制的角度，進壹步規定了產業項目資金。規定省人民政府應當設立中醫藥發展基金，用於野生中藥材的保護和中藥材的種植、加工、流通及科學研究。設區的市人民政府應當根據財力情況設立壹定數額的中醫藥發展基金。
《條例》將人才培養單列壹章，要求高等學校開展臨床醫學教育。中醫基礎理論要列為專業人員必修課，中醫經典課程要列為中醫專業必修課。省級中醫藥主管部門應當建立中醫藥專業人才評價機制，組織開展省級名老中醫評選工作。規定省級人民政府中醫藥主管部門應當建立健全中醫藥教育體系。