1.農村電子商務基礎設施薄弱。
農村電商平臺是壹個系統工程，涉及很多部門和領域，需要大量的人力物力。目前，我國農村電子商務平臺建設的資金來源比較單壹，主要依靠政府的財政投入。由於政府財政投入有限，大量通信信息技術、信息數據資源庫和設備無法更新普及，特別是鄉鎮壹級網絡傳輸線路不暢，出現信息傳播斷層現象，農業信息傳播最後“壹公裏”現象突出，壹定程度上阻礙了我國農村電子商務的發展。
2.農民使用電子商務的意識不強。
由於傳統農業生產方式的影響和農民受教育程度低，目前農民使用農村電子商務的意識不強。近年來，雖然各地建立了農村電子商務服務點，開通了寬帶，配備了電腦，但很多農民由於不知道如何使用網絡，對農村電子商務的認識存在局限性和習慣性偏差，概念和內容模糊，最終降低了他們在農村電子商務建設中的主觀能動性。
3.農村電子商務服務體系不完善。
近年來，雖然各地區在農村電子商務的服務模式和服務主體上積極創新，但總體上還不完善，表現在以下幾個方面:壹是各地區農村電子商務服務質量參差不齊，信息加工、收集和傳播的軟硬件設備不足，信息的分析和匯總多以傳統方式進行，電子化程度低；二是信息管理缺失嚴重，各地區農業部門信息共享能力差，重復建設嚴重，甚至無法保證農業信息采集和傳播的真實性。
4.缺乏新型農村電商服務人才。
農村電子商務是壹項涉及多個部門和領域的系統工程，壹支高素質、結構合理、優秀的農村電子商務人才隊伍是農村電子商務發展的基礎。目前，我國農業信息收集分析人員嚴重短缺，大量信息資源無法有效開發，基層農村電子商務服務人員整體素質不高，掌握計算機網絡等現代信息技術的能力不強。甚至有些地區不僅人才短缺，而且人才流失嚴重。