中國閩臺邊境博物館占地154.2畝，主體建築面積23332平方米。采用“天圓地方圓”的設計理念，運用閩臺傳統建築的特色工藝。它紅白相間，渾然天成，充分體現了海峽兩岸的人文精神和地域特色。其中，主體建築有四個半弧形屋頂臺階通向觀景天臺，象征著中國閩臺緣博物館是兩岸交流的橋梁和紐帶；觀景天臺的和平蓮花，壹年四季都會傳播吉祥平安的福音。
中國閩臺緣博物館景觀廣場由紀念碑、倒影池、音樂噴泉、九龍柱和彩色燈柱組成。它以具有閩臺建築特色的紅色為基調，利用天然石板材的顏色和特殊的紅磚，從紅白相間中分出醒目的圖案，與主體建築融為壹體。九龍柱和睡碑構成了壹組影響深遠的場景。“九龍吐珠”象征著兩岸同胞都是龍的傳人，兩岸關系堅如磐石。景觀廣場中間的倒影池中的水由內向外源源不斷，象征著海峽兩岸源遠流長的關系。
中國閩臺緣博物館二樓平臺上有兩件石雕。這兩幅巨幅浮雕，每幅長16米，寬4.5米，不僅包含了媽祖女神、泉州的人文景觀和著名歷史遺跡，如開元寺、東西塔、老君巖、泉州南音、捶胸舞等。，還包括臺灣省的高山族文化、阿裏山民俗和鹿港古渡。
生活在美國的全吉現代藝術家蔡國強在中國閩臺邊境博物館成功繪制了壹幅巨大的爆炸壁畫。該畫高18m，寬9m，面積162m2。這幅畫由壹棵大榕樹和它的根組成。它是用火藥在壹種特殊的麻紙上炸開，然後燃燒並繪成圖畫。作品背後運用現代LED燈光藝術和現代電腦技術控制，180百家姓在這幅壁畫上可視化。電腦控制和榕樹展示了壹個奇妙的圖騰。這幅壁畫寓意深刻，象征著兩岸同胞同根同源、同宗同源。