中草藥有很多種。據近幾年初步統計，總數約8000種，常用中藥材約700種。如此繁多的種類，必須按照壹定的體系進行分類，以方便學習、研究和應用。藥物分類的方法是根據人們對藥物的認識而不斷發展的。如中國最早的藥書《神農本草經》，將當時常用的365種藥物按毒性和用途分為三類:上品為延壽藥，長期服用無毒，不會傷人，而中品為防病補藥，有毒無毒，視劑量和用法而定；劣質產品是治病的藥，有毒，不能長期服用。這種分類方法簡單粗糙，有些藥物的分類不壹定恰當。但當時可能起到了壹定的作用，避免了用錯藥引起的中毒。梁代陶弘景編《本草綱目集註》時，增加了365種藥物，分為玉、草、木、蔬果、米食、名用、未用六類，每類又分為上、中、下三類。這是根據藥物自然屬性分類的開始，但還是比較粗糙。直到明代李時珍編著《本草綱目》壹書，分類方法才有了大的發展。他在前人本草的基礎上采用了稍加修改的分類方法，將藥物分為十六部，即水、火、土、石、草、糧、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人，並將各部藥物按其生態、性分為六十類。比如草的部分是山草、香草、野草、毒草、蔓草、水草、石草、苔蘚、雜草等等。而且他還經常把親緣相近或者同科同屬的植物排列在壹起。如《四草與草》53種藥物中，有21種屬於菊科，其中10種排列在壹起。這種分類方法有助於鑒別和收獲藥材的原植物(或動物)，對澄清當時許多藥材的混亂起到了很大的作用。現代教科書中記載中草藥的分類方法根據其用途和側重點不同，主要有以下四種:
1.按藥物功能分類——如解毒藥、退熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。
2.根據藥用部位分類——如根、葉、花、皮等。
3.按有效成分分類——如含生物堿類中草藥、含揮發油類中草藥、含苷類中草藥等。
4.按自然屬性和親緣關系分類——首先，中草藥分為植物藥、動物藥和礦物藥。動植物是根據其原生動植物的親緣關系進行分類排列的。如麻黃科、木蘭科、毛茛科等。
以上各種分類方法各有利弊，適合哪種分類方法主要看我們的目的和要求。例如，按藥物功能分類有助於學習和研究中藥材的功能和用途，按藥用部位分類便於學習和比較各種藥材的外部形態和內部結構，從而便於藥材的性狀鑒別和顯微鑒別；有效成分分類有利於學習和研究中草藥的有效成分及其化學鑒別。采用基於藥材自然屬性和親緣關系的分類方法，是因為同屬壹科壹屬的中藥材在外部形態、內部結構、化學成分和醫學應用等方面往往有許多相似之處。采用這種分類方法，不僅便於學習和研究這些相似性，而且便於比較它們的相似性，揭示它們的規律性。這樣有利於鑒別中草藥，從同科的動植物中尋找成分相同或相似的動植物，擴大藥物資源。