綜合理科課程的目標與價值取向、教材編寫、課堂教學、考試評價、師資培養等都與分科理科課程有很大不同，開設綜合理科課程必然會遇到壹系列問題。比如，如何改變教師的認知觀念，讓教師接受綜合理科課程；如何培養教師，使其適應綜合理科教學？從浙江省綜合理科課程建設來看，經歷了“論證決策”、“試點實踐”、“穩步發展”等階段。
由於我國長期實施分科理科課程，形成了相對成熟的分科課程體系，教師也習慣分科教學。因此，有必要基於教育的發展開展理論研究和教學調查，對“為什麽要開設綜合理科課程”、“如何開設綜合理科課程”等問題進行廣泛而深入的論證，對綜合理科課程是否符合教學實際做出理性的判斷。浙江省在調查研究和論證的基礎上，從減少課程數量和減輕學生過重負擔入手，整合初中科學課程，開設綜合科學課程。
開設綜合理科課程是壹項創新工作。要設立課程實驗區開展課程實驗，組織精力充沛、勇於實踐的教師先行實踐，允許地方和學校根據自身實際情況創造性實施。學校綜合理科課程實驗是壹項非常重要而艱巨的任務。教育行政部門和教研部門要出臺推進綜合理科課程建設的政策和指導意見，包括設立綜合理科教師系列職稱評定、各級教研部門設立專職教研員、學校設立綜合理科教研組、采用綜合理科試卷等。在綜合理科課程試點實踐過程中，不可避免地會遇到師資、教材、評價、設備設施、社會理解等問題。因此，要充分依靠教研人員和骨幹教師，積極解決課程改革中的問題，不斷推進綜合科學課程的發展。隨著人們對綜合科學課程認識的深入，特別是試點實踐取得的進展，綜合科學課程逐漸進入穩步發展階段。在這壹階段，應調整綜合科學課程建設的重點，即從改善教師的知識結構轉向更新教師的教學觀念，研究綜合科學教學的過程和特點，促進綜合科學課程的有效實施——即促進教師從“會教”向“教好書”發展。在這壹階段的綜合科學課程建設中，不再需要過分註重形式上的整合，而是要將整合的思想滲透到課程中，重點“構建以科學教材建設為基礎的綜合教學範式，建立以考試評價制度為保障，培養綜合科學教師為關鍵”，建立體現核心素養發展理念的課程體系，構建以科學理念為基礎的結構化課程內容和以“基礎課程+拓展課程”為壹體的課程板塊